过去大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而树立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔、土御门家当家的天赋阴阳师土御门夜光担任统领，成功缔造日本咒术界的革新，成为现代咒术之父。
大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回形势，但结果仪式失败，不只做为执行者的夜光身亡，还剧烈地扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，担任处置日本各地－主要是东京－发作的灵力灾祸，而阴阳师也因此生动在现代的舞台之上。
土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳才干，过着普通人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史末尾转动了起来......
