菲利普邀请康纳加入新黎明计划，并让阿普丽尔来当康纳的助手。马特想查探康纳和菲利普在研究什么，因此潜入康纳的实验室，但他的行踪恰巧被艾比发现。异常点研究中心发现了一种巨大的昆虫入侵，在执行外勤任务时，康纳被昆虫掳去。康纳决定打开燃气阀门并引爆，一举消灭昆虫，但这样一来，他自己也不得不身处危险境地。危急关头，马特将康纳救了出来。回到异常点研究中心后，马特告诉艾比自己的身份和任务，他让艾比帮助自己查清康纳和菲利普的研究。
一艘潜艇在海中遭遇入侵生物的袭击，马特等人很快就发现了异常点。马特、艾比和康纳决定乘这艘潜艇前去封锁异常点。到达异常点后，这艘潜艇被奇怪的力量吸引，瞬间穿过异常点。就在马特等人下落不明的情况下，海军部的人对异常点研究中心研究员的能力产生怀疑，海军部的人毅然决定发射核弹封锁异常点。就在核弹即将发射的危急时刻，马特等人及时从异常点穿越回来，及时封锁了异常点。
马特等人在执行外勤时，不小心将一只猛禽龙送到了19世纪末的伦敦。马特决定穿越时空，寻找猛禽龙。在那里，他遇到了也在试图制伏猛禽龙的艾米莉。他们合力制伏了猛禽龙，最后艾米莉和马特一同穿越回来，重新加入了中心。艾比决定帮助马特，她潜入康纳的办公室，拷贝了康纳的研究数据。与此同时，康纳成功制造出了人工异常点。
一种甲虫通过康纳制造的人工异常点，侵入了中心。菲利普下令封锁中心，杰丝遭到甲虫叮咬，生命垂危，大家要送杰丝去医院，要求菲利普解除封锁。菲利普不但没有解除封锁，反而决定启动自毁程序，将中心及里面的一切都毁灭，最后关头，康纳重新打开异常点，利用异常点放射的伽马射线杀死了甲虫。通过这件事，康纳发现菲利普和海伦之间的联系，决定和马特等人一起阻止菲利普。
地球上出现异常点集合现象，世界各地都出现了异常点。菲利普决定趁此机会利用人造异常点关闭其他异常点，并吸收其他异常点的能量。马特和康纳决定阻止菲利普这么做，他们打算关掉机器，但是菲利普对康纳早有防备，结果康纳和马特没有成功，康纳还被人造异常点吸了进去。菲利普用人造异常点吸收了其他异常点的能量，并将它们关闭。
马特和艾比穿过异常点将康纳救了回来，但他们发现此时异常点正以惊人的速度增长，超出了控制范围。而菲利普也认清海伦是在利用自己毁灭人类，他决定启动自毁程序，牺牲自己，同时将制造异常点的机器毁掉。但是，异常点已经足够强大，不需要机器的支持。最后关头，马特和康纳通过实验室制造出的异常点冲入已经强大的异常点，并将其关闭。(全剧终)
