系列第三部 最终话 Netflix
大门开启，黄金的刻印切裂星球
21世纪初，被哥斯拉夺走了地球的人类，将一局部人类送往其他恒星系移居，但这一方案以失败告终。失意地回到地球的人类，面对的是两万年后剧变的地球。
一切动植物都拥有哥斯拉细胞，化作“怪兽行星”的地球。君临于此的，是身高明过300m的史上最大哥斯拉“哥斯拉·地球”。
燃起征伐哥斯拉执念的主人公晴男，与人类的子孙种族弗图亚相遇。晴男等人在弗图亚双子姐妹玛伊娜和米亚娜的引导下，发现仍在继续增殖的对哥斯拉决战兵器·机械哥斯拉的残骸。他们运用构成残骸的纳米金属，令武装要塞都市“机械哥斯拉都市”启动，向“哥斯拉·地球”发起应战。
在这一作战的进程中，之前曾经一同共存的异星人种族之一比尔沙尔德与人类之间的裂痕逐渐外表化。与比尔沙尔德首领·加尔格的“若要打倒哥斯拉，就要成为逾越‘人’的存在”这一信心相对，晴男无法坚持“不可为了打倒怪兽而使自己也变成怪兽，应该作为‘人’将其打败”这一信心。终于，晴男舍弃了打倒“哥斯拉·地球”的独一时机，将加尔格杀死。另一方面，晴男的两小无猜优子也由于比尔沙尔德停止的人体强迫纳米金属化，而堕入脑死形状。
败北感和虚无感在人类之间分散。另一方的异星人，宗教种族埃克西弗的大司教·梅特菲斯，将晴男从战役中存活上去之事主张为“奇观”，并借此添加信徒。这是为了达成埃克西弗隐藏起来的“终极目的”。米亚娜和玛伊娜警戒着这样的埃克西弗。此外，晴男也自问自己身为“人”应该去做什么。
不久，在没人能打倒“哥斯拉·地球”的地球上，掩盖着金色闪光的“基多拉”来临，震天动地的超次元战役末尾了。
“哥斯拉”是什么？“人”应该去做的事情是什么？晴男眼中的未来又是——。
最终章中，一切都将明了。
