距离上一季结尾（Tom登上外星入侵者的飞船）已经过去三个月时间。Weaver仍然是第二独立团的指挥官，Anne继续担当随团医生的重任。他们经历了更多的战斗，也了解到更多与外星人有关的信息。Pope成了「狂暴战士」（Berserkers）的指挥官－－他们由Weaver不信任的一群人组成，但他们仍然隶属于第二独立团。Tom突然回到第二独立团，所有人都对他「忠诚」感到怀疑。与此同时，Ben不断挑战Hal的权威，导致这两兄弟的矛盾进一步加深。
与外星人在一起的痛苦回忆让Tom惶恐不安，他担心外星人对他的大脑动过手脚。负责「审讯」Tom的Pope抓住这个机会来打击他，在第二独立团中到处散播对他不利的言论。与此同时，Ben对突击者越来越憎恨。敌人即将发动新一轮攻击，第二独立团找到一座旧桥，希望能顺利渡河抵达安全地带。
第二独立团进驻一座机场的机库，但糟糕的通风状况令Anne开始担心大家的健康问题。与此同时，「狂暴战士」计划除掉Tom。第二独立团失去一名成员，但一名神秘来访者给情绪低落的第二独立团带来了新的希望。
《Young Bloods》：7月1日 Ben和Hal在巡逻途中发现一个男孩。他们试图帮助他，结果却弄丢了摩托车（被偷了）。在寻找摩托车的过程中，他们发现了一个令人震惊的大秘密。与此同时，Matt遇到危险，Weaver与某个家人重逢。
《Love and Other Acts of Courage》：7月8日一个熟悉的面孔重返第二独立团，但他的来意是个谜。与此同时，第二独立团俘虏一个突击者并将其带回营地。Maggie向Hal敞开心扉说出了自己的过去，Hal与Maggie之间的距离越来越近。
《Homecoming》：7月15日 Hal偶然发现了一群被摘除轭具的孩子的尸体，其中有他认识的人。Tom和Anne的感情加速升温。Weaver的健康状况恶化。Tom发现Weaver可能向大家隐瞒了一个重要秘密－－为了保护所有人。
《Molon Labe》：7月22日 Ben被一个他信任的人出卖，身处险境。Tom抓住另一个俘虏。Weaver向Matt提供了一份「工作」，希望能鼓舞他振作，让他感觉自己「有点用处」。第二独立团的成员被困在一栋建筑的地下室里，然而雪上加霜的是，他们被迫同时面对新的敌人。
《Death March》：8月5日第二独立团向查尔斯顿地区进发，但有些人仍在为最近的「牺牲事件」而悲伤。Weaver获悉更多Tector在外星人入侵之前的背景信息。Matt对第二独立团最近发现的一名受到轭具控制的女孩很有好感。
《The Price of Greatness》：8月12日第二独立团遇到新的人类幸存者，Tom与自己以前的导师Arthur Manchester教授（Terry O'Quinn）重逢。但在这种非常时期，没有人知道谁值得信任，谁会在背后捅刀子。Maggie意识到Pope不打算在第二独立团中待太长时间。Tector的军人意识开始显现。
《A More Perfect Union》：8月19日（季终集）突击者大军快速靠近刚刚会合的抵抗势力，然而抵抗势力做出了令人震惊的举动。与此同时，Tom获悉足以改变命运的重要信息，而第二独立团将面对到目前为止最可怕的威胁。
