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达芬奇是一个艺术家、解剖学家及工程师，受维罗奇奥所雇开始寻找《叶之书》的命运之程。年轻的达芬奇是个放荡不羁的奇才，在很小的时候就具有了绘画的天赋，可以画出瞬间见过的一切，可是唯独记不起来妈妈的脸。他不仅具有绘画天赋，其机械工程师，能够创造出许多在当时并不具有却极富创造性的机械制品。卢奎西娅·多纳蒂是个非常漂亮的女人，而且她是洛伦佐·得·美第奇的情妇，这个时候，从米兰有个坏消息传递过来，洛伦佐大发雷霆。米兰公爵遇刺身亡，凶手是维斯康蒂及两名同谋，是一场荣誉凶杀，因为公爵玷污了维斯康蒂的侄女。洛伦佐觉得这件事是梵蒂冈在背后搞的鬼，因为时机太过于巧合，平衡即将被打破，美第奇家族即将举办盛大的狂欢节。美第奇家族以高价雇佣达芬奇制造金鸽装置用于狂欢节中，达芬奇虽然是个天才但是在急速运动头脑的时候，他需要鸦片酒精来麻醉自己，他的好朋友告诉他你不能让鸦片和其他想毁了你的人得逞。达芬奇抽中倒吊的人，那张牌代表了牺牲和伟大的觉醒，突然达芬奇受到启发，他应该做一个军事机械师而不是个画家。达芬奇是个私生子，并且他的父亲是个非常残暴不堪的人，达芬奇坚守自己的信念，被自己的父亲当做垃圾般的对待，关押、暴揍受尽虐待。一个犹太人要受绞刑，在临死之前说了一句“我是大地与星空之子，我很渴，请从记忆之泉为我取水解渴。”这让达芬奇很是震惊，决定找回他的尸体一探究竟。达芬奇找到一个神秘的土耳其人维罗奇奥，维罗奇奥告诉他一个人的死亡为另一个人开启生命之门，让他去寻找《叶之书》。洛伦佐亲自找达芬奇，让他去扑捉卢奎西娅的美丽，不仅如此，达芬奇趁机拿出一些军事机械的创意成功引起了洛伦佐的兴趣，达芬奇想要当一名军事工程师。洛伦佐答应给他一笔资金让他去完成他的设计作为考验。在狂欢节一只美丽巨大的金鸽成功飞越，那凤凰火焰，惊呆了所有的人，就在这个晚上卢奎西娅冒着名誉扫地的危险委身于达芬奇，并且说中了卢奎西娅的心事。可是他不知道的是，其实卢奎西娅是教皇派驻在佛劳伦塞的卧底，达芬奇有了性命之忧。
“时间是一个循环的河流”一个自称是达芬奇兄弟的人给了他一杯酒，同样称自己为为大地之子，突然达芬奇就给惊醒了。达芬奇的朋友们找出了被绞死的人的尸体，然后达芬奇为他解剖发现了吐下去的钥匙，似乎“一个人的死亡代表另一个人的重生”有了解释。达芬奇的父亲对他非常的残忍，无论他有多少天赋都无济于事，因为他是女仆的儿子，他身体里的血液注定他再有天赋都不可能收到他父亲的器重，这个时代就是这样残酷。达芬奇为卢奎西娅画像，可是绘画中总是回忆起跟她缠绵的时光，让达芬奇无法专注，两人悄悄亲热时正好洛伦佐要出发，达芬奇赶紧藏了起来。之后，达芬奇询问绞死之人的犯罪动机就是因为偷了一个并没有丢的东西，这让达芬奇很是奇怪决定重新调查现场。洛伦佐和弟弟及助手们第一次审核达芬奇制造出来的多炮弹大炮的威力，可是这个美第奇家族大量投资的大炮却没有发射成功反而自爆，失望的所有人都劝说洛伦佐撕毁合约，可是洛伦佐决定再给达芬奇一个星期的时间再制造出一个大炮。教皇侄子吉罗拉摩·利拉奥伯爵绑架了达芬奇的徒弟让他说出达芬奇偷尸体的原因并且找出达芬奇发现的物品，受到生命威胁的徒弟发挥机智说出了钥匙却给他看了别的东西，那是达芬奇的装置没有他的密码会自爆的装置，就这样教皇侄子怕被发现仓皇逃走。利拉奥约见卢奎西娅，羞辱她的同时并让她调查犹太人的事件和找出钥匙。利拉奥想要借助达芬奇的聪明才智为他们揭开秘密。洛伦佐看到爆炸现场着急了，觉得教皇马上就要出手，这样的危机意识让他限制三天就让达芬奇制造出大炮，否则就要把他绞死。达芬奇自己观察钥匙的形状及特点，模拟它的三维构造，想象究竟能打开什么东西，达芬奇从硬币发现其实钥匙有两把并且这把钥匙跟《叶之书》有关。达芬奇找到一个案发现场出现的瞎子，通过瞎子的描述犹太人逃亡时并不害怕而且拥有两件物品，一个是吞进肚子里的钥匙还有一个是跟拇指有关的书，原来拇指代表着位置就这样达芬奇找到了一个全是希腊语写成的书籍。利拉奥找到洛伦佐，洛伦佐追问达芬奇实验室的事情，利拉奥模棱两可顾左右而言他并且给洛伦佐施加压力，告诉他教皇已经知道他制造武器的事情，并且已经任命弗朗切斯科·萨尔维亚蒂为比萨大教主。如此谈不拢的交易，洛伦佐觉得一定是有人泄露了自己的秘密，气的握紧拳头。达芬奇夜间拜访安德烈想要他帮助解答希腊语书籍的事情，安德烈告诫他让他专心做大炮，其实达芬奇如此热衷于寻找《叶之书》是因为这东西关心着他母亲的命运。在佛罗伦萨盛宴上，表面上洛伦佐欢迎罗马特使利拉奥，事实上危机重重，罗马对待佛罗伦萨的态度大家都心知肚明。利拉奥以梵蒂冈密卷作交换来收买达芬奇并交换钥匙，可是达芬奇转头就把交接地点的纸条扔在了一边。在悬崖边上，利拉奥用一箱子的金钱来跟达芬奇做交易可是达芬奇在这个时候用发明的大炮炮击了利拉奥一行人，原因只有一个他喜欢佛罗伦萨的狂野并且利拉奥伤害了他的朋友。利拉奥要离开了，他确信达芬奇绝对拿不到另外的一把钥匙，因为另外一把钥匙在利拉奥身上挂着，这件事越来越扑朔迷离了。
利拉奥来到一个老方，里面关着一个神秘的人里面的人会说阿姆哈拉语，而且是教会利拉奥下棋的人，在这场棋局之中卢奎西娅、达芬奇这些人都是一枚枚棋子，在不同的地方都显示着不同的作用。卢奎西娅在利用自己在这个城市的关系悄悄的传递着秘密，并且还跟洛伦佐悄悄约会着，这一切洛伦佐的夫人都知道。克拉丽丝跟洛伦佐谈了很多可以允许洛伦佐出去消遣找情人但是他要回到她的身边，仅此而已，同时克拉丽丝也告诉卢奎西娅洛伦佐可以找她但是她不能成为他的弱点，面对这场出轨门，意外的克拉丽丝很是平静且冷静，因为她爱洛伦佐。可是，卢奎西娅怕自己卧底的身份被曝光决定把所有怀疑的矛头指向克拉丽丝，可是她却把所有的东西藏在了里奇家里成功陷害里奇入狱。达芬奇一直在考虑着钥匙的秘密并且同时加紧施工制造出更多的大炮，但是大炮在制造过程中因节省硫磺而制造出一堆质量底下的大炮，达芬奇下令全部重新制造。圣安东尼修道院的修女被“恶魔”附体，不仅自残还跟疯了一般死状非常恐怖，无一例外这些修女都说是因为美第奇家族触怒神灵。尼克赶紧跑到达芬奇这里告诉他温妮莎已经去到圣安东尼修道院了让他去救温妮莎，可是达芬奇只沉醉于找寻《叶之书》的出处。洛伦佐娶了克拉丽丝来缓解罗马的危机，可是他的手下怀疑内奸是克拉丽丝，但是洛伦佐坚信克拉丽丝不会这样做的，虽然没有爱情但是却给了她最起码的信任。越来越多的修女被“恶魔”附体陷入疯狂，朱利亚诺受托进行调查可是毫无章法并意外杀了一个修女。达芬奇心里不是不在乎朋友他也来到圣安东尼修道院来找温妮莎，可是这时候温妮莎也被“恶魔”附体危在旦夕。这时候罗马莫邱利教主也就是梵蒂冈密卷的保管者卢坡·莫邱利来到修道院进行驱魔仪式，所谓的驱魔仪式原来就是处死这些修女。达芬奇终于发现，原来很多修女和虔诚的人士都有亲吻神像脚的习惯，达芬奇利用萤火虫发现罪魁祸首都是红麦角菌，在千钧一发之际找出药方解救了这些人，因为他也受到了细菌的感染。
卢奎西娅一直在魅惑着达芬奇，可是达芬奇始终都不是那么容易掌控的，卢奎西娅也不能确定达芬奇在想着什么。教皇想要切断美第奇家族的资金来源，进行了一场惨为人寰的大屠杀，进攻了美第奇家族的矿场。朱莉奥诺根本不相信从小看着他们长大的贝奇会是内奸，可是洛伦佐已经被这件事蒙蔽了双眼，对贝奇要处以极刑，根本就什么听不进去，贝奇告诉朱莉奥诺叛徒就在他们中间，把找寻叛徒的重任交托给朱莉奥诺。利拉奥来找洛伦佐谈判，交易内容有三点：任命弗朗切斯科·萨尔维亚蒂为比萨大教主；美第奇家族免除罗马教皇的一切债务；还有罢黜一些工程师的职务包括达芬奇在内。利拉奥已经知道他们有十架管抢，利拉奥也找出了破解这大炮的方法，佛罗伦萨又陷入岌岌可危的境界。罗马的佣兵就要攻过来了，达芬奇还在思考着雕像钥匙的问题，这让他的朋友们都很是担心。达芬奇有时候在想，大炮会毁了所有的建筑，毁了所有的家园，当初被大炮打死的惨状都让达芬奇噩梦连连，达芬奇毁了大炮的制造坊。大部分人都不谅解也不支持达芬奇觉得他正把佛罗伦萨变成蛾摩拉，打开了通向地狱之火的道路，还要拖上所有人陪葬达芬奇也在受着内心的折磨痛苦不堪，他也不想这座城池毁在自己手里，明早，会因为他洛伦佐不得不向罗马投降。洛伦佐也非常着急找来达芬奇理论，情急之下，拿起一个石榴砸向达芬奇，达芬奇通过石榴的原理研究出来一个模拟出石榴的炸弹，剑拔弩张之际利用假的炸弹成功吓走利拉奥，并告诉洛伦佐我们要努力原谅自己的敌人，不能制造出大屠杀，这也是洛伦佐父亲所期望的。洛伦佐心里有所动容，来到监狱里想见见贝奇，可是卢奎西娅先他一步来到监狱找到贝奇，她不想看到贝奇受刑换句话说他也是在杀人灭口，结果贝奇还是死了。在达芬奇庆功宴上，达芬奇发现美第奇家族法师的画像，突然明白到美第奇家族就是密特拉之子，一切疑问开始窥见其轮廓，他想让美第奇赞助他进行一次冒险激动不已。就在庆功宴上，达芬奇在滔滔不绝讲述探索的建议时，纳扎雷诺突然闯进逮捕了达芬奇逮捕罪名是鸡奸，这让达芬奇和洛伦佐都束手无策。
达芬奇就这样因为鸡奸的罪行被关进监狱，斐迪南来到洛伦佐这里视察来寻找合作，当问道罗马欠了多少债务时，洛伦佐立马答出八万七千弗罗林，可见洛伦佐对于账目是有多清楚。洛伦佐的调查官也就是达芬奇的亲生父亲在想办法帮达芬奇辩护。拜教皇所赐，罗马的生意失败了，洛伦佐合作的愿望比斐迪南和伊莎贝拉更迫切，克拉丽丝觉得斐迪南和伊莎贝拉也有难处内外兼忧，不如让朱莉奥诺来想办法哄伊莎贝拉高兴，两兄弟一个强硬一个风流各有所长。在达芬奇的审判上，美第奇家族的对手帕奇也来到了法庭上，他虽然不是成员但是却不知道用什么方法获得资格，达芬奇根本就承认自己犯下罪行，并且在法庭上很无所谓的还未朱莉奥诺设计哄伊莎贝拉的方法和要选戏剧就选《十日谈》的想法。在庭审上，达芬奇很快能指出证人的证词间问题，其实法官早已被收买只是走个过场还威胁达芬奇的父亲，达芬奇的父亲也被问急了，开始很精彩的问儿子辩护。就在达芬奇被关押的时候，达芬奇的实验室被受帕奇指示的骑兵所搜查，找出一些不利于达芬奇的罪证。达芬奇的官司很不乐观，他的父亲也很着急如果达芬奇再不认罪他将会被处以火刑，从他父亲言谈中他意识到他父亲之所以对他不好是因为他的母亲曾经抛弃他的父亲。洛伦佐知道朱莉奥诺选的戏剧是《十日谈》很是生气，并且两人大打出手，如果失去斐迪南和伊莎贝拉的合作计划，美第奇家族银行将会陷入不可挽救的危机中去，洛伦佐对于朱莉奥诺的轻视让朱莉奥诺很是忿忿不平。卢奎西娅来找洛伦佐，希望他可以为达芬奇求情，当初的陷害她也是逼不得已的。但是洛伦佐现在全心投入以斐迪南和伊莎贝拉的合作计划中，委婉拒绝了卢奎西娅。别人没有办法不代表达芬奇自己没有办法，他在简陋的牢房里设计出蝙蝠粪炸弹惑乱视听，狸猫换太子，逃出监狱找裁判长算账。朱莉奥诺不仅没有删除戏份中粗鄙的东西反而只上演自由、粗鄙的东西，没有想到的是这些不仅没有惹到他们生气，反而引起了他们的兴趣。这个时候的达芬奇用自己制造的仪器不仅威胁了裁判官而且也知道了告发他的人。故而裁判官终于撤消了所有对于达芬奇的指控放他自由，他的父亲也终于对他会心一笑，这一笑让达芬奇也心里一动。
维罗奇奥又再次找到达芬奇，达芬奇已经回忆那个记忆之泉，想到那里面倒吊着的人居然是自己，自己小时候看见的人是自己，太不可思议了。维罗奇奥告诉他如果想要知道这件事的秘密就去寻找《叶之书》这是他的宿命。洛伦佐去找新的同盟军乌比诺来寻求合作。美第奇找乌比诺寻求军事同盟合作，正好乌比诺是个好战分子，一拍即合。教皇是一个非常残暴独裁的人，不允许任何的人有所质疑，他下令让侄子出手尽快除掉美第奇家族。在旅途中，达芬奇就像失去了一部分踏入了幻觉中，醒来后发现自己已经踏入寻找阿比西尼亚人的道路上了。这时，他们一行人达芬奇、尼克和泽洛斯特来到了一个古堡附近，奇怪的是这里面的土耳其人都被人用钉子惨忍的杀害。其中他们就碰见了这一事件的幕后弗拉德三世，他对土耳其人很是歧视。因为他小时候被送到土耳其当做人质，受尽苦楚及折磨导致他对土耳其人极其仇恨甚至有些变态，故而见之杀之。弗拉德三世是一个极度疯狂的人，他对土耳其人的残忍令人发指，并留下最后一个土耳其人所罗门·欧拜用自己发明的最残忍的酷刑对待他，而这个人正是达芬奇要救的人。达芬奇使计毒晕了所有人，救出被困在无数铁棍织成的铁笼中的人，可是，这个时候发现弗拉德根本没被弄死就眼睁睁的看着达芬奇，达芬奇陷入危机，终于合众人之力才把这个魔鬼杀死。朱莉奥诺突然想到巡逻兵有记下宵禁出入人员名字的习惯，于是，他把大量的记录册搬到自己的房间一一查询，或许他并不是向所有人看到的那么无用，最起码死去的贝奇会引以为傲的。
达芬奇跟踪了利拉奥好几天，终于在狂欢节时，利拉奥居然一个人单独来到墓地，拜祭一个叫西莉亚·利西马克思的犹太人。朱莉奥诺一直在调查内奸的事，他不知道的是洛伦佐给他安排了一桩政治婚姻，是跟帕奇家族的政治婚姻。有着百年世仇的两个家族真的能够重归于好嘛。朱莉奥诺喜欢上了温妮莎，可是他们两个人都知道他们是不可能的，平衡两个家族才是朱莉奥诺的责任。帕奇之所以同意联姻是想要让洛伦佐和朱莉奥诺参加周六的聚会，这样就可以同时除掉两个人了。帕奇的哥哥反对他这样做，一杯毒酒，就这样帕奇毫无感觉的夺走了他哥哥的生命也威慑了其他同党。朱莉奥诺发现记录本上“双子座”代表着卢奎西娅，她和洛伦佐的私情成为了完美的不在场证明，一切的一切都说得通了。无论是罗马还是朱莉奥诺都在追杀着卢奎西娅，卢奎西娅觉得这个时候就只有达芬奇可以救自己了。没想到，还没等到达芬奇，罗马人就追上她了并要杀了他之时，朱莉奥诺赶到杀了罗马人，死了同伴，朱莉奥诺质问卢奎西娅，卢奎西娅无话可说刺死了他。达芬奇经过好几天的琢磨，在洗脸的瞬间灵感闪过，他想到可以用水路进入梵蒂冈。达芬奇模拟出最原始的潜水服，潜入了梵蒂冈的水道，成功进入梵蒂冈。达芬奇从教皇专用的浴池走出，劫持了教皇找出通往梵蒂冈密卷的通道。教皇拿出莫邱利教主的职位来诱惑达芬奇，还有大量的梵蒂冈密卷珍宝。可是达芬奇只对《叶之书》感兴趣，教皇拿出梵蒂冈的一切作为交换甚至是他的母亲下落作为交换，在迷惑中，教皇开始下手双方大打出手，就在逃出之际，达芬奇听到了和卢奎西娅一样的摇篮曲原来关起来的是卢奎西娅的父亲，原来卢奎西娅所做的一切都是为了救出他的父亲。达芬奇从利拉奥那里拿到通往《叶之书》的另外一把钥匙。
很多年前，阿拉西姆在对密特拉之子的预言中，美第奇家族将会有大的灾难，而唯一的一缕阳光就是达芬奇，活着看到这一切的密特拉之子是谁呢，或许死亡才是幸福，而活着看到这一切的人才是悲惨的。达芬奇的朋友尼克和泽洛斯不愿意抛弃达芬奇，并同达芬奇开始远渡重洋去加那利群岛。去之前达芬奇决定要先去洛伦佐那里告诉他一些关于卢奎西娅的事情。在路上，他看到了地中海这种鸟，而上一次他看见的时候是母亲离开的时候，达芬奇有预感将会有事情发生。阿拉西姆告诉达芬奇想要知道母亲下落就必须找到《叶之书》并把星盘带入海蛇号并且穿过暴风雨到达新的大陆。这时候，卢奎西娅出现了找到达芬奇，两个为爱痴狂的人为了彼此在乎的人都在互相折磨着，卢奎西娅希望达芬奇能救救洛伦佐能救救佛罗伦萨这个城市。可这城市给了达芬奇什么，私生子的唾弃，鸡奸罪的诬陷这些让达芬奇拂袖而去。在宴会上，朱莉奥诺还是没有出现，洛伦佐根本不知道朱莉奥诺已经被杀死还在忧心忡忡，佛兰切克斯·帕奇就等着美第奇兄弟俩都到场才动手，可是朱莉奥诺迟迟不出现也打破了他的计划。朱莉奥诺未婚妻卡密拉·帕奇和帕奇家族的成员都逐渐失去耐心，可是朱莉奥诺还是不见踪影。其实，受了重伤的朱莉奥诺在河流中被救走，他想要通知洛伦佐身负重伤也要赶回佛罗伦萨。洛伦佐没有办法想要达芬奇帮助他拯救这个城市，达芬奇问愿不愿拿卢奎西娅作交换。还没回答，洛伦佐得知朱莉奥诺已经回来的消息，同时帕奇家族也开始动手准备毒死美第奇家族所有人包括孩子。护送朱莉奥诺回佛罗伦萨城的军官是罗马的手下，可是他也明白如果美第奇家族没了，佛罗伦萨城也将不复存在。马上就上船的达芬奇还是没能狠下心肠放弃这个曾放弃自己的城市，洛伦佐临吃毒饼的时候朱莉奥诺赶到，大战开始所有美第奇家族陷入危机，朱莉奥诺临死前温妮莎告诉他她怀了朱莉奥诺的孩子，朱莉奥诺安息闭目而逝。就在致命一剑射向洛伦佐之际，达芬奇赶到在关键时刻救出洛伦佐。这时候洛伦佐发现原来达芬奇和卢奎西娅有私情，利拉奥的大炮也指向达芬奇他们所在的房间，达芬奇是否还能登上船，一切都是未知之数，究竟命运之轮会如何转动？
