深夜的紫禁城内，一头白发的孝庄太后（大玉儿）回想起与丈夫清太宗皇太极、情人多尔衮、儿子顺治帝，纠葛一生的爱恨情仇。想当年，年少的她与苏茉尔在蒙古草原巧遇一位喇嘛，这位喇嘛预言了大玉儿必定嫁给一国之君，母仪天下。这也是皇太极娶她的原因之一。 那年大玉儿的姑姑，也就是嫁给皇太极的哲哲——未来的孝端文皇后，偕同皇太极回乡省亲。这一行不但将大玉儿带出了科尔沁大草原，来到皇都盛京，更将多尔衮带入大玉儿的生命中，两人一见钟情，并互许终生。 多尔衮的父汗努尔哈赤因战败于宁远城的明末守将袁崇焕积郁于心吐血而亡。努尔哈赤临死前要大福晋传述多尔衮继位的遗命，大福晋怕权势最雄厚的皇太极会对多尔衮不利，便提出让皇太极继位以保全多尔衮的条件，皇太极悍然拒绝。阿敏与莽古尔泰拥立皇太极继位。为灭大福晋口，便要逼大福晋殉葬。阿敏命人将多尔衮、多铎两兄弟软禁四贝勒府。多尔衮知道事有蹊跷，大玉儿极力安抚多尔衮，并派苏茉尔进宫打听。
四大贝勒逼大福晋殉葬，大福晋临死之际，逼皇太极立誓照顾多尔衮兄弟，否则死后变厉鬼缠着皇太极，皇太极答应。苏茉儿亲眼看见大福晋被逼殉葬的血腥一幕，吓得面无人色，急忙来找大玉儿，一旁的多尔衮不禁起疑，急忙奔向皇宫，但为时已晚，只听见大福晋临死前是为了多尔衮而死，为了保护多尔衮。大玉儿严令苏茉尔没有她的允许，绝不能告诉多尔衮真相。怀疑大福晋死因的多尔衮与多铎，向苏茉尔追问大福晋死因，苏茉尔虽然什么也没说，但眉宇之间的一切却已道尽大福晋死因的不单纯。多尔衮由此进一步猜出大福晋死因。 在众人的拥戴与皇太极的运作下，皇太极成为大金国的新任大汗。为了替母复仇，多尔衮忍辱负重，努力学习文韬武略，只字不提大福晋之仇，以表面的顺服让皇太极安心。了解真相的大玉儿，在一旁默默稳定多尔衮的心，两人感情日有进展。小玉儿对多尔衮情根深种，但多尔衮心中已有大玉儿而对小玉儿不闻不问，小玉儿对大玉儿埋下恨意。大玉儿渐渐成长，跟随在孝端后身边，渐渐成为孝端后得力的左右手。多尔衮的努力让他得到了带兵出征、立功的好机会。大玉儿对多尔衮出征一事心存不舍，两人离情依依……
多尔衮出征，大玉儿日夜祷告，静候多尔衮凯旋。大玉儿祖父莽古思来盛京探望儿孙，筵席中大玉儿哥哥吴克善无意中提起喇嘛的预言：大玉儿有富贵之相，未来将母仪天下。吴克善无心话语引起皇太极的注意，让他兴起娶大玉儿的念头，因为他不能将当皇帝的机会让给其他人；加上大玉儿天生貌美，皇太极渐倾心于大玉儿。此时孝端后怀孕，她提议为皇太极娶新妃，皇太极指名要大玉儿。不知大玉儿与多尔衮情愫暗生的孝端，欣然同意并向父亲莽古思提议，莽古思同意。 孝端后向大玉儿提亲，大玉儿坚持不肯下嫁，孝端此刻才知大玉儿已与多尔衮互许终身。孝端陷入两难之中，因为大玉儿是皇太极亲口要的人，再加上皇太极对多尔衮心存芥蒂，大玉儿若不答应亲事，恐会引起皇太极不满，不利于多尔衮、多铎兄弟。正当大玉儿婚事陷入僵局之时，战场竟传来多尔衮的死讯。多铎抱着多尔衮的金盔星夜归来，向皇太极报告了多尔衮的死讯。得知多尔衮战死沙场，大玉儿近乎崩溃，几度寻死。但在苏茉尔劝说下，大玉儿决定嫁给皇太极，好保全多铎性命、为多尔衮报仇。为探求多尔衮死因，大玉儿、苏茉尔偷听皇太极与阿敏谈话，才知多尔衮是被阿敏陷害而死。得知真相的大玉儿悲愤不已，但此时皇太极发现了藏身于书架后面偷听的大玉儿与苏茉尔。
大玉儿施以巧计，媚惑皇太极，也解除皇太极对她们两人的怀疑而得以脱身。阿敏仗着力挺皇太极取得汗位之功，挟功要胁皇太极；皇太极为自己汗位尊严受到冒犯大为生气，但仍以大局为重，暂时相忍以待。小玉儿得知大玉儿将嫁皇太极，除了揶揄大玉儿，更将多尔衮的死归咎于大玉儿。而多铎也从小玉儿口中得知了大玉儿要当侧福晋的消息，愤怒指责大玉儿无情无义，要当面痛斥大玉儿，不想被苏茉尔拦下，反说大玉儿这样做都是为了他和多尔衮兄弟，而多铎怎么也不明白其中的玄机。此时大玉儿来到了她与多尔衮临别前的槐树下，对空望月，泪流满面。小玉儿趁大喜之日，想将大玉儿与多尔衮相恋之事，告诉皇太极，正说到关键处，竟传来多尔衮负伤回京的消息。
为了怕多尔衮想不开，众人特意对他隐瞒大玉儿嫁皇太极之事，但小玉儿却故意泄漏消息，让多尔衮几近崩溃。大玉儿得知多尔衮死里逃生，急得想悔婚逃回多尔衮身边。孝端后告诫大玉儿：她若与多尔衮私奔，恐将引来灭族之祸，她和她心爱的多尔衮也将被杀；而如此，大福晋也岂不是白白死了，大玉儿只得狠下心来，放下儿女私情，嫁给了皇太极。 婚礼隔天，凭着一口气，多尔衮出席了大玉儿对亲友敬茶的仪式。仪式中，多尔衮忍不住心中悲痛，狂吐鲜血。此情此景，大玉儿只能焦急于心，而多尔衮冷言相对，对大玉儿直言：错爱了她，错爱了她，错爱了她！气急攻心的多尔衮不愿修养病体，苏苿尔只好去劝他，并告之阿敏是陷他于死地的原凶，而大玉儿是为了保全多铎并替多尔衮复仇，才嫁给皇太极。 多尔衮得知真相，更为大玉儿心疼。他万念俱灰，拒绝治疗，只求一死。善良的苏茉尔于心不忍，来找孝端后想办法，孝端只道外伤易治，心病难以医，只有求大玉儿出面救治多尔衮。大玉儿也忍不住关怀之情，终于与多尔衮见面、激励多尔衮。多尔衮紧紧握住大玉儿的手说，我恨皇太极，他夺了我的汗位，逼死我额娘，还抢走了你，总有一天，我要讨回公道。
阿敏和莾古尔泰常违抗皇太极的命令，在辽东前线需人死守之时，双双称病请辞。大玉儿从皇太极口中得知，他要重用几个年轻贝勒，大玉儿将此消息透露给多尔衮，要他一定要抓住机会。多尔衮为取得皇太极重视，自告奋勇上前线，深得皇太极赞赏。军费短缺，皇太极因而伤神。大玉儿偷偷将自己的嫁妆交予孝端后，资助军费；孝端后告诉皇太极，皇太极对大玉儿更加倾心。小玉儿在多尔衮上战场前，想多亲近多尔衮，无奈多尔衮对小玉儿丝毫不动情，小玉儿气结。崇祯帝重新重用袁崇焕把守辽东，让皇太极十分头疼。大玉儿说出《三国演义》第四十五回曹操中计一节，给了皇太极用“反间计”打败袁崇焕的灵感，再加上大玉儿适时的建议及得体的举止，让皇太极更加宠爱她。 多尔衮在战场上表现杰出，巧用反奸计除掉了袁崇焕，获得皇太极赞许。可是像袁崇焕这样的人才不能为大清所用令皇太极十分惋惜，大玉儿一语道破皇太极的遗憾之情，皇太极对大玉儿的才能十分惊异。
皇太极与范文程提起培植小贝勒、分散大贝勒权力的事，范文程极为赞成，并盛赞多尔衮，但皇太极对多尔衮总是有那么一点不放心。贵太妃积极想撮合小玉儿与多尔衮的婚事，并请皇太极加以促成。皇太极为拢络多尔衮，也为了掌控多尔衮的一举一动，便要孝端后说服多尔衮娶小玉儿。 多尔衮婉拒孝端后美意，孝端后只好向大玉儿求助，大玉儿心中五味杂陈，但为了多尔衮好，她还是说服多尔衮娶小玉儿。为消除小玉儿心中芥蒂，大婚前，大玉儿送小玉儿一只手镯，要小玉儿对多尔衮多忍让。小玉儿在新婚夜触怒多尔衮，使多尔衮无法用情于她。好面子的小玉儿为营造新婚恩爱假象，对外声称多尔衮待她极好。
皇太极重用多尔衮，多尔衮领命出征，小玉儿却因挽留多尔衮不得法而与多尔衮发生争吵。多尔衮大胜归来，皇太极重赏，三大贝勒不满，深刻地感受到皇太极想分其权利之心。南侵过程中，阿敏犯下大错，不但弃守好不容易才得到的永平，更屠城劫掠而归。皇太极大怒，纠集所有贝勒要定阿敏的罪。阿敏与莽古尔泰对皇太极早有不满，如今又犯下大错，阿敏福晋到孝端后处跪求，大玉儿却预测皇太极绝不会杀阿敏。 皇太极果然没有杀阿敏，判阿敏终身监禁。皇太极得知大玉儿准确预测自己的决定，对大玉儿玲珑剔透的心思更是赞赏、疼爱，但在疼爱大玉儿的同时，皇太极也感受到，大玉儿虽然敬他、顺他、温柔可人，但却从不会在他面前争宠撒娇，也从不会想特意得到他的赞赏与关注，这一点让皇太极感受到大玉儿对他并不是那样的在意，他在大玉儿身上感受不到情人之间的“爱”。为此，皇太极感到失落。 皇太极进军顺利，在拿下了祖大寿父子死守的大凌河城后，宿敌察哈尔林丹汗病故。大凌河一战，随军出征的多尔衮在皇太极与莽古尔泰争执中，制服对皇太极露刃五吋的莽古尔泰，更喊出：“他们既是兄弟、更是君臣”之语，此语不但让皇太极极为受用，更让他对多尔衮疑心尽去，开始放心地重用多尔衮。随后在范文程领导汉人章京随汉制建立官制的同时，破格重用多尔衮为吏部大臣，给了多尔衮表现的机会。
吏部大臣任内，多尔衮体察民心的种种作风，得到满族百姓的支持，表现更让皇太极投以更多信任。随后，多尔衮被指派收服察哈尔，多尔衮用计让察哈尔不战而降，还献上了传国玉玺。相传得到传国玉玺的人就能得到天下，多铎动念要多尔衮用玉玺推翻皇太极，兄弟俩争执之际，豪格闯入，对两人起了戒心。赶在大军回国前，豪格差人向皇太极报讯，说多尔衮与多铎有反叛之心，皇太极疑心大起，备下重兵准备捉拿多尔衮。大玉儿由孝端后处察知皇太极心思，在多尔衮回京的前一夜，命苏茉尔偷偷通知多尔衮，让多尔衮献出玉玺免除大祸。没料到被探访多尔衮的豪格撞见苏茉尔，多尔衮虽谎称苏苿尔是自己府第前来报讯的丫头，但数日后，豪格却在大玉儿身边认出苏茉尔，引发了皇太极对大玉儿和多尔衮之间的怀疑。
苏茉尔灵机一动，用计搪塞，承认大玉儿确实派她送信给多尔衮，为的却是多尔衮的家事。原来多尔衮出征前宠爱侍女乌兰，乌兰怀有身孕，却在多尔衮出征时流产，京中盛传是小玉儿虐待所致，大玉儿为了怕多尔衮回家发怒，致使家庭不和，才派苏茉尔先去开导多尔衮。皇太极向孝端后等人求证，证实多尔衮与小玉儿感情不睦，皇太极召来小玉儿，想从小玉儿口中探探多尔衮的虚实，不料竟从小玉儿口中得知：大玉儿与多尔衮有一段情。皇太极终于明白为何自己未能得到大玉儿的心，原来大玉儿早心有所属。 皇太极多方刺探大玉儿，甚至刻意冷落大玉儿，意图激起大玉儿对他动情，但大玉儿不为所动。苏茉尔劝大玉儿该对皇太极软言甚至撒娇，但大玉儿告诉苏茉尔：她是个人，不是个玩物。此时，皇太极在大玉儿住处见到了大玉儿的姊姊海兰珠，海兰珠可怜的模样，打动了皇太极。
