Beckett经历了大面积的切除手术，她需要三个月的恢复时间才能回纽约警察局和Castle共事，但是苏醒的Beckett却记不起来自己被射击的事情了。Castle拒绝Beckett和自己一起调查，他希望自己能全身心投入到调查，以便能找出那个想杀害自己的人。
一个有犯罪前科的人在一条巷子里，被人用剑劈成了两半。在调查过程中他们陷入了盲区，因为受害人的身份是有前科的罪犯，那么他的仇家必然很多，最后还扯进了一位警员。经过复杂的调查，他们将目标定位在了一位漫画作者身上，只是最终的凶手是一名真正的暴徒。
Castle和Beckett 遇到了一桩奇怪的案子，案发现场只有一大水坑的血液，但是没有受害者，这让他们很是疑惑。与此同时，Alexis收到了来自纽约斯坦福大学的消息—她没有被录取，为此她感到很是不解。最后根据血液化验，他们把受害者范围缩小到了男性这个范围，继而最终找到了真凶。
一名女大学生被人杀害了，凶手将她的尸体扔在了一处建筑工地，企图毁尸灭迹。在进一步的调查中，警方发现致使受害人死亡的枪是Ryan以前的配枪，但是那把枪在一次执行任务的时候，被一名3KX连环杀人案的凶手给抢走了。
Castle和Beckett调查一起谋杀案件，该谋杀案件和一名盗取珍贵雕塑的小偷有关。Serena Kaye，一名聪明、性感的博物馆调查员也参与了此次调查，Castle对此欣然接受，而Beckett对此很是懊恼。然而这其中似乎存在着一个不为人知的秘密。Serena Kaye更多地吸引了Castle的注意，同时Beckett的感觉开始变得烦乱。
一名猎人在纽约一所恐怖的大厦里狩猎时被杀害了，Castle和Beckett开始调查此案。他们对此案进行了深层次的调查，Castle认为肯定是存在一股超自然的力量杀人，而Beckett则认为没有超自然力量存在。
Castle 和Martha被一群抢劫银行的武装匪徒劫持。匪徒要求与Beckett通话，并且威胁她如果有任何轻举妄动，他们便会杀了Castle。Castle意识到这并非是一起普通的劫案，匪徒的目的是要拖延时间，以便寻找一个银行保险箱。最终Castle发现了匪徒想要的保险箱，并利用Martha手镯的反光发出了一组摩斯密码。
亚特兰大一家赌场的合伙人Sam Siegel被发现陈尸于纽约一处废弃的码头，Castle和同伴们开始调查。Sam死前曾与前妻Rebecca因为一处共有房产发生争执，警方把视线放在了Rebecca身上。Castle等人到亚特兰大去查案，漂亮的赌场侍应Nadine带他们去见了Sam的生意伙伴Charlie。之后Charlie又引导他们去调查Sam的司机Ralph。
幼儿园女教师Sarah在大庭广众被人开枪射杀，而她正在准备自己即将举行的婚礼。第二起枪击案发生一名叫Henry的律师遇难，Beckett恰巧在案发现场附近。心理医生建议Beckett不要参与这起案子，以防止她的创伤后遗症复发。Castle在案发现场发现了一枚弹壳和一个小纸人，而这个弹壳让他们找到了在特种部队当过狙击手的Marcus。
Castle 和Beckett醒来后发现两人睡在一起，并且他们被手铐铐住了。实际上他们躺在了一个黑暗地窖中，并且两人的私人物品全部都不翼而飞。Beckett背上的针痕显示他们被人迷晕了，他们最后的记忆是去一个破旧的汽车旅馆调查一名死者的情况。Castle和Beckett根据死者身上发现的邮政编码来到了一所被遗弃的房子，他们在那里发现了一名被关在笼子里的老人......
