2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多本国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫配音）召集巴特（松田健一郎配音）,陀古萨（新垣樽助配音）等得力属下，并制定了缜密的营救方案。谁知当一切都墨守成规停止之时，不测突然发作。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱弹的暗杀，素子之前的下属陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美饰）也在爆炸中丧生。经过缜密清查，素子等人发现一种可以窜改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事情有着亲密联络。危机以后，阴谋悄然复出水面……
