在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战终了后，人类世界迎来了长达两年的战争岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队分开位于南太平洋的远古遗址露露耶，他们再次发现了业已消灭的超现代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女首领卡美拉（芳本美代子 饰）。入间竭力支持对古迹的震动，但丝毫无法改动下层的决议，最终招致三尊邪神复生，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，行将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力气的大古，面对以后的危机一筹莫展。
三千万年前消灭人类文明的悠远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……
