为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小同伴继续修业之旅。这次他们离开了美丽的山中小镇艾茵多奥克参与神奇宝贝的竞赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力气的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子区分带着黑龙杰克罗姆（桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发作争斗，令国度解体在即。老国王借助比克提尼的力气暂时动摇住了龙脉，而大地之乡则从此开放。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克罗姆，于是决议重建丧失已久的故土……
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