故事发作在公元930年，正值中国历史上的五代十国时期，在长江流域的太乙山里有一座始建于武则天时代的太乙书院，是当世最知名的两座书院之一，被读书人视为求学圣地。 “则天宝藏”在太乙山中的传言，使得各地当权者与野心家都盯上了太乙书院。在各方注目中，太乙书院迎了新学年，一批重生退学，其中隐姓埋名的孔府嫡裔张谊（本名孔仁玉）、南唐太子李璟玉、墨家传人端木正、清河崔氏族长之女崔伽罗、高丽逃亡公主王恩珠、张谊胞妹张樱（本名张樱），六人都是为“则天宝藏”而来。经过刚学的几次突发事情，六人成为同伴，一边各自探寻“则天宝藏”下落，一边共同处置各种危机与事情。每团体都有沉痛的往事，在彼此的相处与陪伴中，在友谊与爱情的暖和下，大家走出伤痛，渐渐生长起来。
为救治被病痛折磨的妹妹张樱，店小二张谊欲混入太乙书院寻医治百病的秘方。张谊应聘成高丽公主王恩珠的脚夫一同前往太乙书院，谁知书院主事武陵先生拒绝学生带陪读，他只得偷南唐太子李璟玉的荐书混入书院。门阀之女崔伽罗因拒绝婚事被父亲安排到书院修身养性，墨家传人端木正带着一腔热血到书院学习。书院发生黄金失窃案，张谊深陷牢狱之灾。王恩珠不相信张谊是盗贼，她联手李璟玉等人一起解救张谊。
王恩珠等人赶至法场将被执行死刑的张谊救下，继而张谊根据众人描述还原黄金失窃案整个过程，他们最终将假扮成刘沫的罪犯绳之以法。为表破黄金失窃案的谢意，学院孟山长特批张家兄妹入读太乙书院。书院学生郑祖耀爬山丧命，一系列奇怪的事令张谊等人推断出郑耀祖的死不是自杀。李璟玉的一首词《摊破浣溪沙》引发张谊的好奇心，继而推断出从郑耀祖处买词的人是凶手。
张谊和李璟玉等人夜访古玩店寻找郑耀祖遇害线索，此刻店主暴露本性要灭口众人。在逃离途中，端木正被蒙面人用暗器所伤。张谊和李璟玉设计抓蒙面人，问话时蒙面人服毒自尽。青眼兽越狱后目标是太乙书院，整个书院处于惶惶不安中。青眼兽拉拢张谊为己所用，但张谊不为所动，原来两人曾是同门师兄弟关系。在张谊的运筹帷幄之下，青眼兽落网书院恢复平静。
书院组织学子去府学参观稀世珍宝晋氏璧，李璟玉却发现晋氏璧是个赝品。晋氏璧本是崔伽罗母亲的遗物，也是她和李璟玉的定情信物，此时却成了她同父异母妹妹的嫁妆。学官带着晋氏璧逃走，张谊等人设局巧妙夺宝，随后晋氏璧物归原主重回崔伽罗的手中。周府的家丁被毒杀，张樱验尸时不小心中毒。张樱没有解药有生命危险，端木正和李璟玉为救朋友说出属于他们的秘密。最终几人将晋氏璧追回，但得知此事与谋杀李璟玉的幕后黑手有关。
校尉确定凶手是独眼狼，十年前独眼狼因为售卖假的王羲之字帖，动武谋杀当年的校尉大人。如今周大人委托柳老爷拍卖王羲之的字帖真迹，随后柳老爷被独眼狼绑架。独眼狼在拍卖现场诱使柳老爷说出真相，原来十年前柳老爷为夺取独眼狼的王羲之真迹，谋杀校尉嫁祸给独眼狼。十年前的冤案澄清，张樱也解毒转危为安。学院的女学生孙清清跳楼自杀，幸亏被张谊及时救下，夫子发现她被人玷污并未婚先孕。
李璟玉谣传孙清清已经提供破案线索，当晚幕后真凶想要杀孙清清灭口，却被埋伏已久的张谊等人当场擒获。幕后真凶落网招供，他的目的是摧毁孙清清的婚事。校尉收到恐吓信，随后他的儿子患上怪病。原来五年前城里发生瘟疫，校尉为了封锁疫区屠杀病人，病人的亲属为了复仇遂毒害校尉的儿子。李璟玉男扮女装溜进太守府，查出瘟疫患者的名单，真凶的身份终于浮出水面。
凶手谋杀校尉受阻，凶手身绑毒药誓要与校尉同归于尽，端木正出手解除危机，凶手赵敬之咬舌自尽。崔伽罗算卦得到大凶之兆，张谊不肯听劝带着大家去了红绡歌舞坊。歌舞坊的一间雅间每晚会少赚五两银子，张谊发现问题和暖炉有关，伙计因此被辞退。匪徒打劫歌舞坊，张谊的客房却被搜出很多银两。张谊被捕在牢房遇到伙计，他偶然得知歌舞坊有密道。张谊越狱查出劫匪凭空消失的办法，崔伽罗和张樱却遇到危险。
歌舞坊的红姨制造劫案是为绑架崔伽罗，目的是协助主公操控崔家夺取天下，幸好李璟玉等人设伏救出崔伽罗，并得知红姨也是一个要破坏南唐和中原关系的幕后黑手的走卒，却不知幕后黑手是谁。江北爆发蝗灾，书院要求学子为赈灾献计献策。张谊利用众位夫子的墨宝，举办拍卖会筹款赈灾，最终用善款为灾民买粮施粥。学院通过考试选拔十个国子生名额，王恩珠目不识丁却考了第一名，学子们认为书院作弊聚众打架。王恩珠状告主考官舞弊，然而唯一的证据考卷已被烧毁。
王恩珠败诉被罚杖责，文素先生拿出铁券为她免除责罚。主考官为医治母亲家境清贫，他向母亲承诺没有舞弊。管家曾辅助主考官阅卷，张谊揭穿有人调换考卷趁机舞弊。维修城墙的银两亏空三千两，孙管库购房买地刚好花费三千两，校尉刑讯逼孙管库招供。孙妻上吊自杀留下一个冤字，孙妻的姐姐击鼓鸣冤自曝三千两是她的嫁妆。张谊一行受命调查，却发现孙妻是被人谋杀，且死前怀有身孕……
证据显示孙管库才是贪污案真凶，张谊一行开始调查孙妻遇害案，发现嫌疑最大的人是孙妻的姐姐。崔伽罗假扮孙妻的冤魂，诱逼孙妻的姐姐承认和妹夫出轨，孙妻之死的真相终于水落石出。张谊坦白破案的关键，正是孙妻姐姐用的胭脂。前朝七皇子逛青楼，却被人残忍杀害，康城公主施压要求校尉尽快查出杀害弟弟的真凶。张谊一行认为凶手肯定和七皇子有仇，他们查出七皇子烧毁客栈害死过很多人。
