进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健饰）曾经习气了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕和往常的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史饰）将其请去。原来承袭了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也饰）年被新政府背叛，幸运活上去的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕方案。大久保死后，深感背负不可推脱责任的剑心只身上路，在途中不只偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤饰），还在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。与此同时，相乐左之助（青木高尚饰）,神谷薫（武井咲饰）,明神弥彦（大八木凯斗饰）,斋藤一（江口洋介饰）也相继赶往京都。阴云密布的时代，酝酿着一场席卷全国的风暴……
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