《原来你还在这里》是由辛夷坞同名小说改编而来的都市题材电视剧讲述了女主苏韵锦和男主程铮地道而又纠结的爱情故事。
高中时期的苏韵锦因家里原因选择了自己不擅长的理科，老师百般劝说仍不妥协，程铮对这个倔强的女孩产生了兴趣，开始关注她的一言一行，慢慢地对她产生了好感，在苏韵锦衣服意外刮破的时候，及时送去自己的衣服，却因为羞涩本该是关心的话变的凶巴巴。
下课时间，程铮踢椅子叫醒苏韵锦，直说对方脑子笨，听到别人讲题有问题觉得麻烦，却因为苏韵锦肚子疼弄的尴尬收场。程铮来书屋搞出破坏连累韵锦被罚，韵锦气愤对其说出诀别之话。班级开家长会，程铮帮助苏父亲带领到座位，苏父亲却突然晕倒被送入医院。苏韵锦暗自哭泣伤心，程铮留下询问叔叔病况，苏韵锦请求帮助补习数学题。婚礼上，韵锦暗自期待再次见到程铮，程铮却一直没有出现。
苏韵锦成绩有了明显进步，程铮奖励她去看自己的球赛，原本因为韵锦没来而有些烦躁的程铮在看到对方之后接连进球。二人因为韵锦学习有进步开心，却被老师误以为早恋而教育，韵锦开始躲着程铮。苏爸爸回到家中休养，韵锦为了爸爸更加努力，但苏爸爸最终还是去世了。在紧张的复习时光后，同学们终于迎来了高考。婚礼上，程铮的花终于送到现场，人却因为路上发生小事故没能及时到来。
郁华告白周子翼被婉拒，程铮牵手韵锦为其唱《勇气》。聚会结束后，程铮冒雨送韵锦回家，韵锦因为要照顾母亲万般无奈，拥抱告别程铮。韵锦大学重逢子翼，周子翼化身贴心“小天使”，为程铮要到了韵锦宿舍号码。郁华再见子翼却下意识逃开。同在一所大学的二人究竟何时才能见面呢，四个人在大学又会发生何事。
莫郁华和苏韵锦在食堂偶遇周子翼。程铮被美女穷追不舍，舍友调侃语气中不乏羡慕，程铮却对此笑而不语。苏韵锦宿舍有人用电吹风导致跳闸，被学生会检查到，苏韵锦主动交上了自己的电锅，沈居安知道了苏韵锦的情况，给她介绍了图书馆的工作，并在生活中处处照顾她。学院里传起了苏韵锦和学生会长沈居安的绯闻。
莫郁华对周子翼痴心不改，直言放弃更痛苦，还不如坦然面对。苏韵锦却有不一样的感情观，更宁愿是两个人互相理解、平淡幸福的生活。沈居安在衡凯实习时，章粤被他的细心沉稳所打动想要留下他，而沈居安对自己的未来早有规划，章粤却给了他另一个方向，希望他不要禁锢自己，沈居安开始认真思考起自己的未来。
程铮与苏韵锦以及沈居安一同前去寺庙，期间居安的短暂离开致使程铮的爆发。程铮与韵锦发生争执，质问苏韵锦自己哪点比不上沈居安，为何两人不可在一起。离开寺庙后的三人前去餐馆进餐，气氛一度冰到最低点。程铮劝酒居安想为韵锦挡酒，却被回呛他与韵锦两人之事与你何干。饮酒后的韵锦第二日醒来获得了居安的嘘寒问暖以及摸头杀，并向居安解释两人其实没有任何干系。
苏韵锦因母亲的感情问题困惑不已，不知该如何面对，沈居安不忍见到苏韵锦这般模样，便诉说自己的亲身经历开导苏韵锦，让苏韵锦暖心不已。苏韵锦在沈居安的开导下，决定回到绍兴老家去面对母亲的新恋情，而程铮则为追爱，偷偷到访苏韵锦老家，开启做客之旅。沈居安的出色让章粤欣赏不已，章粤的亲近举动渐渐扰乱沈居安的内心，四人感情究竟何去何从。
程铮为了帮韵锦送货，借来邻居的船，却被邻居纷纷打趣是韵锦男朋友。韵锦在送完货后，程铮强来韵锦去服装店买衣服，只为送韵锦母亲新婚礼物。程铮也为自己挑选了一件白衬衫，在韵锦付钱后心中暗喜。韵锦送上礼物后，母亲感动落泪。程铮在大雨中为韵锦送花，问韵锦能不能重新开始，韵锦拒绝了程铮，直言不喜欢程铮。
流感高发，人心惶惶。因为封校，韵锦及同学留守在学校，程铮不顾安危来看韵锦，韵锦无奈出校，程铮强拉韵锦上车要带韵锦离开学校。程铮强留韵锦在自己房间，程铮身体不适不想被韵锦发现，借口逃避。翌日，韵锦发现程铮病重，章粤与沈居安来送药时，发现韵锦在程铮屋内。
