七个月后，因能量不足，市长阿曼达被迫关闭了防护网，沃坦集团闻讯发起进攻。沃坦方舟深埋地下，紫皮人在吊舱中发现了诺兰与伊瑞莎，并将他们抛置于雪地。达塔克、斯塔玛以及雷夫伪装身份进入沃坦集团敢死队，野兽达克识破了昆汀的身份，麦考利父子不幸惨死。诺兰带着阿曼达找到了古拉晶矿井，紫皮人在搏斗中受伤。在野兽达克的逼迫下，斯塔玛亲手杀害了雷夫之女。
在耶维尔的建议下，紫皮人被锁了起来，她自称基琪，诺兰与之交流成功。阿曼达向萨鲁克了解情况，得知基琪所属食人族欧美克。基琪之父台弗根前来寻女，阿曼达趁机要求与他共同开发古拉晶矿，不料惹得对方暴怒。蒙古诺在窗外挑衅基琪，不料惨遭杀害。为了救活基琪，阿曼达不惜活剥了耶维尔的皮。萨鲁克为子报仇，不料反被诺兰杀死。台弗根答应与阿曼达合作，抗争之城恢复了照明。
阿拉克被野兽达克留在沃坦集团当人质，达塔克与斯塔玛被迫回到抗争之城当卧底。得知麦考利父子已经惨死，诺兰来到敌营报仇，不料却暴露在巡逻人员的枪口之下，好在皮拉尔及时相救。达塔克以寻找私人物品为名潜入军械库，并暗中安装了惨叫虫武器，使得抗争之城的军火全部被毁。诺兰与伊瑞莎从皮拉尔手中夺回了小卢奇，伊瑞莎却对野兽达克手下留情了，诺兰非常不满。
达塔克夫妇根据野兽达克的指示炸毁了圣路易斯拱门，抗争之城陷入恐慌之中。阿曼达与诺兰来到地下城堡向奈尔斯借军火，对方竟爽快答应。阿曼达欣喜之余，奈尔斯却节外生枝，诺兰遭到生化人袭击。奈尔斯向阿曼达示爱，阿曼达本想将计就计，不料却发现自己曾被他强暴。阿曼达枪杀了奈尔斯，地下城堡被毁，好在她与诺兰逃出生天。野兽达克命令斯塔玛除掉台弗根，不料阴谋败露刺杀失败。
诺兰与伊瑞莎同时陷入昏迷，耶维尔发现二人大脑被植入了方舟科技，使之形成了“大脑蓝牙”。为了同时进行二人手术，阿曼达只得向基琪借无人机，不料基琪却暗中复制了耶维尔的大脑源码。达塔克刺杀台弗根失败，阿拉克却从沃坦集团成功出逃。手术成功，诺兰与伊瑞莎双双苏醒，二人却发现了彼此的秘密。伊瑞莎决定离开，耶维尔却告知她只能与诺兰在一起。阿拉克回到家，并拿刀指向了母亲……
诺兰来到达塔克家，阿拉克公布了父母作为沃坦集团间谍的身份，达塔克随即携妻出逃。野兽达克从军火贩子手中购买枪械，而这名军火贩子疑似柏林的前男友康拉德。野兽达克的妻子前来探望丈夫，不料竟被对方杀死，野兽达克下令屠城。诺兰抓捕了达塔克，并利用阿拉克上演苦肉计，不料却未能获取有用信息。斯塔玛持枪逼迫阿曼达送自己出城，二人发生搏斗，并两败俱伤。
抗争之城的陪审团以叛国罪处死了达塔克，斯塔玛则躲进了情人台弗根家。康拉德向抗争之城免费提供军火，他再次俘虏了前女友柏林的芳心。伊瑞莎拒绝参战，抗争之城的自卫军变得七零八落。柏林决定随康拉德一同离去，伊瑞莎则作为荒地女神再度回归，自卫军重整旗鼓。斯塔玛被基琪欺负，她惶惶不安却又不敢离开。达塔克最终被珊吉世系折磨而死，他在临终之前见到了孙子小卢克。
抗争之城遭到恐怖袭击，阿曼达拒绝关闭防护网，此举致使大量人质被屠杀，贝克曼也趁机混入自卫军。基琪迫使斯塔玛知道了欧美克所有秘密，她本想父亲会杀人灭口，不料台弗根却选择了妥协。贝克曼将自卫军引入隧道，并投入炸弹使其全部丧生。诺兰险遭贝克曼杀害，幸有伊瑞莎出手相救。为了全歼沃坦集团敢死队，阿曼达找到奄奄一息的达塔克，并劝其展开了自杀式报复，野兽达克的营地遭到轰炸。
拉尼卡已逝，印督始终无法原谅诺兰。野兽达克及其敢死队全部阵亡，达塔克将功赎罪，斯塔玛也获得了赦免，无奈阿拉克拒绝原谅母亲。抗争之城出现了不明尸体，经尸检，耶维尔发现这些尸身竟是自己的克隆体。耶维尔明白基琪在暗中作梗，她欲探查真相，不料反被基琪控制。台弗根无法容忍女儿的肆意妄为，便对她下了毒手。诺兰找台弗根了解实情，二人发生了争执。
抗争之城的居民依然不愿接受斯塔玛，台弗根则邀请她同去澳大利亚。副总统希罗拉来到抗争之城，达塔克竟死而复生。希罗拉要求阿曼达帮助自己与欧美克和谈，斯塔玛被迫前去邀请台弗根出席晚宴。在耶维尔的帮助下，基琪成功复活，她出现在晚宴上使其父颇为震惊。因方舟科技的作用，诺兰失去控制枪杀了希罗拉，他被送往南美洲，伊瑞莎同行。欧美克父女已然反目，台弗根遭到基琪的暗算。
