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神舟号舰长乔带迈克去考察一个贫瘠之地的水源，正好遇上了风暴，她们又没办法与神舟号取得联系，乔只好带迈克在沙漠上散步，画了一个星号让神舟号发现了她们，赶在风暴来临的前一刻，将她们给救了回去。地球上2256年5月11日，联邦星舰神舟号被派往联邦管辖空间的边缘，调查一个星际继电器的损伤，洞口的爆炸燃烧无法确定原因。虽然这是一个艰巨的任务，但眼前的情景让人不得不对这项任务保持乐观态度，在两颗恒星周围，冰、尘埃、气体相互碰撞，形成后代称之为家的星球，警醒着世人所有的生命，都源于混乱和毁灭。萨鲁在扫描完继电器后断定，那可能是恶意损伤的，像是有人刻意引起他们的注意，所以迈克马上去向乔汇报这一信息。乔去了指挥仓，得知在中继器附近的射场确有东西，不知道位置也不知道是什么，于是迈克决定亲自前往看一看，收集更多的信息证实物质所属。在迈克据理力争之后，乔同意让迈克独自一人去侦察情况，并提醒她必须在19分钟内完成任务，否则她性命不保。在迈克抵达射场之时，迈克和神舟号就断了联系，内部扫描系统提醒迈克，离最大的辐射还有十二分钟左右的时间。迈克离射场越来越近，发现那里并不能算作是碎石场，表面上看是一些石头上面覆盖了一层金属合金的外骨骼，异常错宗复杂，构造和设计更是令人惊叹。迈克安全着陆，但像是触动了某种机动反应，很快她就收到了警报，遇上了克林贡人，受到了对方的袭击。因为信号的干扰，指挥台已经收不到迈克的信息，而康纳则在此时发现迈克的血压上升，必须尽快把迈克救回来，否则谁也救不了她。克林贡人因为联邦舰队入侵导致贾瑞克死亡，而对联邦的人产生很大的敌意，誓要向联邦舰队发起攻击。迈克被及时传送回神舟号，可还没等她接受完治疗，她就急忙赶去见乔，质问克林贡人在哪里，可乔他们都不相信有克林贡人。萨鲁他们以为，是迈克出现了幻觉，可迈克很坚持，乔于是相信了迈克所说，拉起了红色警报。神舟号向克林贡林舰号发现信号，可没有得到任何回应，而萨鲁发现克林贡人的舰上都是用棺材镶成的，让他感觉得危险将至，所以让迈克劝乔撤退。乔还没有做出最后决定之时，神舟号就接收到一个信号脉冲，造成所有人耳鸣的情况。迈克认为，这个信号脉冲就是克林贡人给的信号，所以她马上请求离开指挥舱，回房间联系沙瑞克。迈克向沙瑞克请教，让克林贡人偏安一隅的办法，然后去通知乔向克林贡林开火。迈克的要求让乔认为，迈克只是因为与克林贡人的过去，才会这样做，她并不接受迈克的提议，没想到迈克则当面违抗她的命令。乔把迈克叫回房间谈话，结果迈克因为说服不了乔，只能将乔弄晕，然后自己回去指挥。迈克违背了乔的意思，让康纳他们准备瞄准开火，可就在她下令的那一刻，乔又出现了，拿着枪逼迈克退下。迈克正与乔争辩之时，克林贡舰队围上了他们，让神舟号陷入危机。
迈克从瓦肯星离开，抵达神舟号的时候，她表现出过多的高傲与冷漠，而现在她投入太多的情感，想要挽救神舟号，却因此犯了错让神舟号被24艘舰队围攻，乔因此将迈克关了禁闭。乔联线了克林贡人，说明他们此次是为和平而来的，对克林贡人的牺牲表示遗憾，他们可以和克林贡从谈判，可克林贡林并不接受她的善意。特库巫马想要向人类以及其他族群发起攻击，让克林贡人的各族团结起来，所以他怂恿了各族领袖，最终争取到大家的一致意见，听从他的安排。特库巫马在乔联线之后，说明乔所说的都是谎言，然后便让人向神舟号发起攻击，以至于神舟号受损严重。康纳受伤被叫去医务舱治疗，可他却去了禁闭室，让迈克出来加入战斗。迈克表示，她已经无能为力了，而这时神舟号又被袭击了，迈克也被这巨大的震动击晕了，等她醒来之时得知舱已受损脱离神舟号。沙瑞尔利用一千光年的心灵感应来到了迈克身边，鼓励她振作起来加入战斗，同时说明迈克有能力阻止这一切。神舟号被克林贡战舰一路追进了双子星的碎片环中，而他们为了躲避战舰根本没有注意到这一情况，在敌人战舰突然撤离时，他们才发现了问题。碎片环中的引力场正将神舟号吸入，神舟号的推进器已经没有用了，乔只能通知所有人准备好撤离。神舟号脱离了危险，系统也恢复了正常，布雷达上将马上联线神舟号，并让乔打开一个与克林贡人的频道，要跟克林贡人谈判。特库巫马表示，他接受了停火协议，让布雷达准备迎接他们的使者，等断线之后他马上又派人用他的隐形战舰，秘密向神舟号靠近。布雷达还没有传达他的意思，影像突然就消失了，萨鲁再联系之时发现，布雷达所在的战舰已经遭受攻击自毁了。因为这一次的小胜，让特库巫马更得民心，争取了所有议员的支持，他于是向神舟号宣战。迈克启动道德程序，冒着只有43%的生还几率，从禁闭舱逃了出来，准备加入战斗。乔为了取胜，不让特库巫马将他们残杀殆尽，于是决定亲自前往与特库巫马一战，杀死特库巫马。迈克逃了出来，阻止乔的决定，她说明杀死特库巫马只会让他的追随者无止境地向他们发起战争，唯有抓住特库巫马才能让他成为战败的象征，以彻底打败克林贡人。乔质问迈克，为何要叛乱的时候，迈克说明她是为了拯救乔，而就在这时克林贡人打开光源搜索尸体，让乔想到了抓住特库巫马的办法。利用克林贡人打开舱门的时候，乔和迈克被神舟号送到克林贡人战舰中一个比较安全的位置，让他们可以前去抓拿特库巫马。乔和迈克受到了袭击，迈克的头被紧贤地抓住，迈克好不容易才摆脱了对手，可已经来不及救乔了，乔被特库巫马杀死。迈克给特库巫马一枪，而这时萨鲁已经发现不了乔的生命迹象，要将迈克及时传送回去，迈克想要带走乔的尸体，却已经来不及了。迈克因为乔的牺牲，又没有将乔的尸体带回，心中痛苦万分，在被内部审讯之时，对所有对她的指控，都不想做辩驳，只想承认自己有罪，她因此被判终身监禁。
六个月后，因为二锂矿产生了压电性，摧毁了矿井底部，有50个犯人瞬间消失，所以迈克和其他一些犯人将被送往图伦星系。在星际基地18号，穿梭艇遇上了虫子，驾驶员不得不亲自去处理虫子，否则穿梭艇的能源会被全部蚕食，最后他们都会被飘在星际之中，等氧气消耗殆尽。驾驶员出去清除虫子的时候，自动驾驶程序遇到了故障，驾驶员被飘走了，让穿梭艇上的犯人都开始不安了起来，纷纷想要把手铐打开自救。迈克一行人被安全送往发现号，发现号的安全主管亲自来接收他们，看到叛乱者迈克，让她忍不住上前数落迈克几句。迈克在发现号上看到了旧同事凯拉，可凯拉见到她之时，却有意当不认识迈克一样走开了。迈克把饭端到了座位上，还没有坐下就遭遇了其他几句犯人的袭击，而她则用瓦肯武术轻易解决了。兰德里让迈克住手，说明舰长加百利要见迈克，让迈克跟着她一起离开。加百利说明，他知道迈克出现在他的舰船名单上之时，他翻开了迈克所有的档案，重新了解迈克的能力。加百利表示，在他的舰船上，没有人可以吃免费的午餐，所以他要求迈克利用她的能力，为发现号工作，更不管迈克是否愿意。迈克被送回了房间，她的室友候补军官西尔维娅非常兴奋的回来表示，很开心有了新室友，然后才说明迈克占了自己的床。迈克去工作的时候，遇上了萨鲁，得知萨鲁已是发现号的大副了。萨鲁把迈克带到了工程部，迈克才知道发现号是科研舰，等萨鲁想要离开之时，她才把心中后悔当日乔战死的那一幕告诉萨鲁。萨鲁表示，他相信迈克已经后悔了，但在他的心里觉得迈克是非常危险的，迈克有让人害怕恐惧的基因。迈克想要求回到穿梭艇去，可萨鲁不能满足她的要求，他只能听从加百利的安排。迈克去工程部报到后，被保罗上尉安排解一组代码，迈克发现那并不是核心代码。迈克把其中一段代码错误交给保罗，想要指责他没有给自己全部代码，而保罗则非常不满地表示他不会把核心机密给一个叛乱者，然后进了用呼吸系统舱识别的密舱中。半夜，迈克偷取了西尔维娅的呼吸，进入了那个神秘舱，看到了里面不一样的美景。加百利接到了高度机密信息，然后去派遣保罗带一队人马去搜救他们的兄弟姐妹，还勒令他一定要将迈克带上，只是保罗特别不满这个决定又只能听从。保罗一行人在搜救战舰上，看到了疑似克林贡人才会使用的武器，可那些死伤者身上的伤口让人看了非常的匪夷所思，更不懂究竟是什么样的武器才可以穿过战舰上的金属。终于在一处黑暗处，迈克他们遇上了战舰上的对手，发现那是一只可怕的巨兽，而且很快他们就被巨兽逼到指挥舱去。巨兽几乎要穿门而入，迈克他们又找不到逃脱的办法，于是迈克自己爬上空气槽引开巨兽，让其他人可以回到穿梭艇，然后等她跳下穿梭艇之后，一同离开了那艘有危险的战舰。迈克回来后，再次去见加百利的时候，她表明了自己被送往发现号的原因。迈克说明，加百利在研究一项被禁止的生物武器，而加百利需要她的帮忙，才故意把她带到发现号，给她这一系列的考验。加百利没有否认迈克所说的，特意带着迈克去看他的实验室，说明他研究的不是屠杀武器，而是有机推进飞行系统。给迈克展示完自己的研究之后，加百利说明，他是选择了迈克，但并不是迈克所想的那些原因，他需要迈克帮他结束与克林贡人的战争。
迈克穿上了制服，正在为自己整装之时，西尔维娅为她拿来了一个属于她的箱子，结果迈克一听是有关乔的遗嘱，就马上把箱子给收起来。迈克被叫去见舰长，正好在电梯里碰到了萨鲁，萨鲁不高兴加百利的决定，不高兴地跟迈克聊了几句。加百利正在进行模拟训练，因为船员表现较差模拟训练失败，加百利便让萨鲁安排大家继续练习，而他则把迈克带去实验室。加百利让迈克看他抓住的困在发现号上的那个巨兽，说明它杀死了十几个克林贡人，他们需要巨兽为联邦舰队而战。特库巫马的战舰在与神舟号一战之后，因为要进行修理停了下来，结果战舰上的克林贡人经过六个月的时间，快要被饥饿打败了，所以科尔只能去棺材那里求特库巫马告诉他该如何做。与特库巫马有血亲的克林贡人，说明神舟号上有处理器，科尔应该去那里取回处理器，让他们的战舰早日起航觅食。迈克利用巨兽喜好光线的特点，想利用太阳光研究巨兽的反应，可兰德里却不赞同迈克的做法，认为他们的主要任务是研究巨兽如何杀人的，而不是理解它的感情，所以她让迈克不要走偏了。兰德里不顾迈克的反对，想对巨兽使用镇定剂，结果发现镇定剂对巨兽一点用也没有，兰德里还因此被巨兽咬伤了。迈克把兰德里送去了医务舱，可还是来不及救回兰德里，加百利只好让迈克找出点有用的东西，不让兰德里白死。迈克把萨鲁找来，用萨鲁对她的恐惧测试巨兽的反应，她得出了巨兽的主要功能不是攻击，而它杀死兰德里只是因为本能的自我保护。萨鲁听了迈克的话，对迈克更加不满了起来，他说明他之前批评迈克与职位不符是错误的，他认为迈克与加百利真是天生一对的搭档。迈克为了证实自己的想法，亲自打开了隔离区的门，喂食给巨兽，结果巨兽并没有攻击她，反而友好地闻了她身上的味道。稍后，迈克去找保罗，让巨兽与保罗养殖的鲍子生物在一起，结果发现它们之间有能量转移，是一种非常和谐的共生现象。了解了巨兽的能力之后，保罗利用仪器将巨兽身体里的能量发挥出来，助他们漂亮打赢了一仗，完成了一次小飞跃，让克林贡人尝试到他们的厉害，救下了被困的人员。入夜的时候，西尔维娅非常感慨地表示，迈克救了殖民地的许多人，而迈克却一点表示也没有，这时迈克床下的信号箱又响了。西尔维娅劝说迈克，让她勇敢地面对乔的最后嘱咐，认为乔跨过银河来找她，一定有重要的事情要交代，让她不要害怕去聆听。迈克打开了箱子，听到了乔的最后遗言，全是乔对她的鼓励，乔还把家传之宝送给迈克，助她去探索宇宙奥秘。
迈克做了一个恶梦，梦到自己像巨兽一样被箝制住冲当引擎嚎叫的样子，这让她突然想到了至从上次使用孢子引擎之后，一直呆滞的情况，认为它得了抑郁，所以叫医生寇波帮巨兽做一下测试。康韦尔上将劝加百利，不再使用孢子引擎，可加百利根本不听康韦尔的劝，还表示自己的战舰自己说的算。加百利乘飞船外出之时，遇上了克林贡人的07战舰，最后飞行员被杀，加百利被绑架。康韦尔认为此次的绑架是有针对性的，很可能是克林贡人发现了孢子引擎系统，想把加百利抓去问这个信息，所以她把加百利被绑架的消息告诉萨鲁，由萨鲁全权处理营救计划。寇波做了测试，证实每一次的跃进都让巨兽的身体受损，所以他跟着迈克一起去向保罗说明情况。保罗听到寇波的描述之后，并没有同意他的说法，而是指责他有太多的事情做却没有做。寇波离开之后，保罗说明利用巨兽的想法是迈克提出的，现在迈克又来提对巨兽的伤害，根本没有这个资格，让迈克没办法辩解。加百利醒来之时，已经在敌人战舰的监狱之内，而他还没有了解目前形势的情况下，就看到同监狱内的另一名星际舰队成员被克林贡人毒打的情况。加百利正跟同伴商量，要如何拿到中继器让他的飞船起动求救信号之时，克林贡人又来了，直接把加百利带走，逼问发现号上的秘密。迈克说明，不重视对巨兽的伤害，很可能不但救不了加百利，还可能带来不可想象的后果。保罗听了迈克的意见之后，跟迈克一起重新研究对巨兽有利的方法，可刚有一点眉目的时候，萨鲁正好要来通知保罗启动孢子引擎，得知了迈克参与的事情，所以他生气地勒令迈克不准再插手，要求保罗准备再一次跃进。加百利受完酷刑后回来，便明白狱中的哈利是敌人的卧底，于是一回来就把哈利的宠物斯图尔特抓住，将它体内的窃听器给拿出来，然后杀了那只宠物。哈利在自己的诡计被拆穿之后，怕下次选择承受痛苦的时候，被他们选上，于是为自己的行为狡辩，让加百利相信离开这里需要他的帮助。克林贡人再次出现之时，泰勒主动要求选择他承受痛苦，然后等被打之时，与加百利一起合作制服了克林贡人。哈利看加百利他们抢到了武器，便开心地让他们带自己一起离开，可没想到加百利却称哈利出卖了他们，他们不会带上哈利一起离开。加百利把哈利关在了监狱内，与泰勒一起逃了出去，经过一番奋战之后，才找到了飞船的泊区，成功逃脱了敌人的战舰。萨鲁用职权命令保罗启动孢子引擎，结果因为伤害过大，巨兽本能的处于极端隐生状态。寇波检查了巨兽，发现巨兽的生命体征只有1%，要求萨鲁放弃跃进，可萨鲁却不肯听劝，逼着保罗必须想办法继续跃进。在萨鲁准备再次跃进之时，加百利的飞船靠近了发现号，萨鲁在确定加百利的身份之后，将加百利和泰勒传送回战舰中。加百利得救，萨鲁马上下令跃进，质问保罗是否准备好，结果他们发现保罗的生命体征处于遇险状态。萨鲁去实验室找保罗，结果发现保罗在引擎内，而且显示已经没有生命体征了，随后保罗又突然醒了过来。萨鲁得知自己做错了，于是回去向迈克道歉，说明他是气迈克得乔亲自教授，而他连替代迈克的机会也没有。迈克知道萨鲁与她的矛盾根源之后，将乔送给她的传家宝，送给了萨鲁，说明萨鲁做得很好。萨鲁最后求迈克，让迈克救一救隐生的巨兽，迈克于是将巨兽释放。
加百利在调查泰勒之后，与泰勒玩了一回枪，并在玩枪的过程中，再对泰勒的事情进行了解，最后他确定留下泰勒。在看玩枪结果的时候，加百利发现自己只击毙了24个人，泰勒于是谎称自己只击毙了22个人，结果还是让加百利发现，他谎报了结果，但他喜欢泰勒的优秀，所以让泰勒当发现号的安全主管。迈克在吃饭的时候，身体里与沙瑞克共享的那一部分灵魂告诉她，沙瑞克出事了。加百利在听了迈克的描述之后，去咨询瓦肯星人，得知沙瑞克被派去当大使，监督克林贡人的声明的合法性，结果在伊利迪亚星附近的星云中失踪了。瓦肯星人已经在实行搜救行动，但加百利听了之后，还是不顾他们的反对，将发现号行驶至伊利迪亚星附近，准备营救沙瑞克。保罗对瓦肯星人的灵魂共享非常的有兴趣，他提出了使用思想融合器，借迈克来寻找沙瑞克的下落。迈克接受了保罗的提议，她跟加百利要求带上西尔维娅当她的神经加速力，加百利批准了迈克的请求，并派泰勒为带迈克行驶飞船，担当迈克的护盾。迈克刚离开，康韦尔就来指责加百利，说明他在进行一项未授权的救援行动，等于是在叛乱，而他还让一个犯人前去救人，可加百利却一点也不听她的劝。迈克因为自己知道沙瑞克在昏迷时的所想，让她更想要救下沙瑞克，因为沙瑞克最后的记忆，就是她太像人类被瓦肯星拒绝的事情。迈克使用思想融合器，闯进了沙瑞克的思想意识里，她想将沙瑞克带走，可沙瑞克却不允许迈克在那里，说明那是他的潜意识，他一定要赶走迈克。迈克与沙瑞克打了起来，泰勒发现事有异常，于是命令西尔维娅将迈克叫醒，把迈克给带了回来。迈克不明白为何沙瑞要赶走她，泰勒于是提醒迈克，认为沙瑞在濒临死亡的那一刻，想到的是迈克被拒的那一天，一定有什么重要的事情隐瞒着迈克，因为人在临死前想到的只是自己最爱的人，或者是心存愧疚的事情。迈克经泰勒提醒之后，马上再使用思想融合器去见沙瑞克，逼沙瑞克把自己隐瞒的事情说出来。沙瑞克说明，迈克没有被瓦肯远征队录取是因为他的缘故，因为远征队只允许沙瑞克在斯波尔克和迈克之中，选择其中一人加入远征队，最后沙瑞克选择了斯波尔克，而斯波尔克最后没有去远征队，沙瑞克因此为自己做了一件对谁都不利的错误决定，而感觉愧对迈克。迈克知道真相之后，让沙瑞克接受她的帮助，就像当初沙瑞克救她一样，迈克这才把沙瑞克救了回来。康韦尔与加百利上床之后，抚摸熟睡的加百利背后的伤口，结果加百利神经紧张地差点杀死康韦尔，让康韦尔明白加百利在心理评估时说谎了，而且骗过了所有人。康韦尔非常生气地骂了加百利一顿，并结束了他们的关系，然后匆匆离开了，让加百利想要解释都没有机会了。康韦尔最后告诉加百利，说明她再回来之时会再找加百利谈话，等再做过其他项目的考核之后，再确定加百利是否能继续任职。康韦尔代替沙瑞克去坎克里四号星，见克林贡人的长老们，结果没想到她刚表明身份，自己的两个手下就被他们杀死了。
迈克在发现号上渐渐找到了自己的一席之地，也开始慢慢了解了发现号上的所有人，开始慢慢融入他们当中，但她的个人经历让她在想要融入的同时，又不自觉的发现自己与他们的不同而想逃离舒适的环境。迈克去舞池看大家跳舞，和泰勒相处得很愉快，两人正想去舰桥报到之时，不小心撞到了保罗。 迈克因为将保罗的东西撞倒，向保罗不停地道歉，可保罗却非常友好地表示，这不是什么错，迈克不用道歉，然后便开始质疑迈克和泰勒的关系，让他们两人都不得不跟他废话，直接去报到。发现号传送回来一头巨鲸，迈克奉命去治疗这只巨鲸，可没想到巨鲸的嘴里吐出一个入侵者，不停地向发现号上的人袭击。 加百利准备对付入侵者之时，才知道入侵者是哈利，而他是因为当时加百利没有救他，来向加百利报复的。哈利说完想说的话之后，拿出了一个武器，瞬间炸毁了被关押的舱，离开了发现号。迈克再次与泰勒他们去派对的时候，因为黄色预警被叫到了舰桥，这才知道发现号附近又发现了巨鲸，加百利本想绕道而行，可萨鲁查出巨鲸生命体征不稳定，根据濒临绝种物种的保护条例，他们必须救巨鲸。 巨鲸被传送回来之后，发现号马上起动了孢子引擎，而所有的指令都已经不受控制了，加百利只能派泰勒去工程部，结果发现哈利躲在那里。泰勒想要杀哈利，解决工程部的危机，可没想到没有成功，最后保罗出现从背后给哈利一枪，随后又是一声巨响之后，一切又回到了派对之时。 迈克在派对上又一次被叫去舰桥，保罗好不容易找到了迈克，然后告诉迈克，他们被困在了一个三十分钟的时间循环中。迈克不理解保罗所说的，而保罗只能说明这是他的混种基因的缘故，让他记得这三十分钟内一次次循环的所有记忆，确定是哈利制造了这个时间环，想把孢子引擎抢走卖给克林贡人。加百利收到红色警报，准备去医务舱之时，被哈利给劫持了，逼他交出孢子引擎。 还没有解决哈利的事情，第四次循环又开始了，这一次保罗一说迈克就相信了，所以保罗让迈克把这个事情告诉泰勒，让泰勒想想有没有办法对付哈利。迈克不认为泰勒会相信她所说的，但保罗认为泰勒喜欢迈克，他一定会相信迈克所说的。迈克正想跟泰勒说之时，警铃又响了，泰勒又一次被叫走了。 保罗教迈克，让她答应泰勒邀请她跳舞的要求，利用这个时间让泰勒把哈利的事情说出来。在与泰勒谈了之后，迈克终于明白，哈利的身上有一块晶体，只要解决了那个就能破除他的时间环。迈克他们去舰桥之时，哈利已经控制了那里，泰勒想向哈利开枪，可没想到并不能打中哈利，反而被哈利的晶体给瓦解了。 迈克看到泰勒被瓦解，便想去跟哈利打一场，被萨鲁给拦下了，不想让她白白牺牲，而哈利则拿出晶体想要继续伤人，保罗只好说明，他就是孢子引擎。迈克特意去见哈利谈判，趁哈利不注意的时候，将哈利的晶体吞了下去，让时间再次循环。时间再次循环之时，哈利的阴谋没有得逞，这一次所有人都知道他的出现，而且加百利直接就与哈利谈判，要交出发现号和迈克，只为保住所有船员。 哈利以为自己成功了，将克林贡人传送到发现号上，可没想到在去传送间时，他才知道他被迈克他们给骗了。泰勒重新安装了舰长椅，哈利坐上去传送的坐标信号是传送给斯特拉和她的父亲，而现在他们两人正被传送到发现号，打破了哈利想在他们两人的世界里消失的计划，最后哈利被斯特拉父女给带走了，发现号上的一切又恢复了正常。
加加林号舰长申向发现号发求救信号，说明他们被六艘战舰围攻，加百利收到信息之后，马上就去支援申，可没想到他们的发射被阻止，而克林贡人的战舰出现隐形状态，让他们无法发现目标。加加林号被敌人给摧毁了，加百利不得不进行跃进模式，可敌人已经离开了，战争暂时平息。保罗从引擎上下来之时，突然觉得晕眩，把西尔维娅叫成舰长，西尔维娅想问他的情况之时，他马上否认自己叫错了，怪西尔维娅工作时间做白日梦。迈克与泰勒、萨鲁去帕沃星考察，正谈论着萨鲁比别人更异常敏锐的视觉听觉之时，萨鲁表示他被帕沃星上的噪音所影响，而这时异常的情况发生了。森林中突然飘出一股蓝色的微生物，萨鲁他们都不知道这是什么，更听不懂它们的语言，萨鲁只能感觉得它们是没有威胁而且渴望交流的。迈克他们在帕沃星留了下来，在萨鲁研究如何与它们沟通之时，泰勒跟迈克畅想战争结束之后的计划，两人情不自禁吻了起来。萨鲁被帕沃星的噪音扰得不行，让他的精神也开始不停的变差起来，夜里睡觉的时候，萨鲁被噪音吵得没办法睡，只能去请求帕沃星的朋友消除噪音，结果感应到它们的要求，说明从生物学上它们就注定一种用途，那就感应死亡的来临，而现在它们正感应着死亡将近，所以非常地害怕。第二天一早，萨鲁精神非常好地去找迈克他们，并说明他修改了发射频率，增强了信号与发现号取得了联系，然后将迈克他们身上的信号器骗走销毁。萨鲁说明，帕沃星人已经掌握了让世界和平的方法，而且能让所有物种一起进步，所以他们要留在此地帮助帕沃星人。迈克没办法理解萨鲁的话，认为他整个人都改变了，可泰勒却觉得萨鲁的有些观点是正确的，因此与迈克大吵了一架。萨鲁前来送饭之时，迈克没有在那里，泰勒便谎称迈克跟他吵了一架出去散心了，然后询问萨鲁有关帕沃星的事情。萨鲁要让泰勒感受一下帕沃星的和平，结果识破了泰勒想让他分心的事，这才意识到泰勒和迈克合伙骗了他。萨鲁把泰勒制服，马上就跑去找迈克，正好看到迈克在发求救信号，于是跟迈克打了起来，破坏信号器。迈克为了让萨鲁清醒，不得不用电枪打了萨鲁两枪，让萨鲁清醒过来，可萨鲁还是一直喊着他做错的话语。突然泰勒被帕沃星人带来了，萨鲁马上求它们原谅，说明他做错了，他只是想保护它们。迈克告诉帕沃星人，说明他们也是为和平而来的，但不能阻止战争，就不可能有和平，他们需要帕沃星的帮助，帕沃星的生物这才用它们的能源，将通信设备修好，迈克三人就这样就被传送回去了。拉瑞尔主动去向科尔臣服，说明她有办法让康韦尔开口，然后去审讯康韦尔，让康韦尔与她合作逃出去。康韦尔同意了拉瑞尔的做法，在逃出监狱的时候，被克林贡人发现了，他们便演了一场戏，打了一阵子，然后拉瑞尔在克林贡人面前将康韦尔打死，声称要自己去处理尸体。拉瑞尔将康韦尔拖进棺舰之时，发现自己的许多同伴都被科尔处死了，所以她向他们发誓，自己总有一天会杀了科尔为他们报仇。帕沃星向克林贡人发出邀请，科尔于是下令将航线驶向帕沃星，而这时加百利发现了克林贡人朝他们而来，怪责迈克引狼入室。迈克说明，这是克林贡人搞的鬼，因为他们的存在的目的，就是让世界不和平，而这时长距离传感器，探测到克林贡飞船的棺舰，正以高曲速进入星系。
在棺舰向发现号驶来，加百利正准备搞清楚那上面有什么之时，比特拉尔上将勒令加百利将发现号跃进星际基地46号。加百利在下了命令之后，让保罗去医务舱做检查，并要他存档检查数据，加百利要确定保罗身上的孢子引擎接入装置没有出问题。 加百利担心发现号抵达星际基地前，克林贡人在那之前已经到达帕沃星，所以他要迈克他们给自己对策。迈克说明，他们怀疑克林贡隐形飞船，形成了一个巨大的重力场，它能够弯曲光线以及飞船周围的其它电磁波，所以发现号的传感器探测不到它们的存在。 迈克说明，隐形膜有一些小缺陷，因此看起来不显眼的电磁辐射，实际上发生了与重力场有关的，极其细微的转变。萨鲁说明，如果能发现两者之间的确切关系，就能编写一套算法，得到所有隐形飞船的位置，但这个变化难以探测到，萨鲁认为可以将传感器安置在克林贡飞船上向发现号传回数据。 萨鲁所说的建议要完成，必须派遣一小分队传送到克林贡飞船上，而传送小分队的办法，就是将发现号作为诱饵，让克林贡旗舰远离帕沃星，他们就会关闭隐形膜和发现号交战，而这个时机便是传送小分队的最好方法，只是收集这个数据需要几天。加百利听过迈克他们的方案之后，说明他们没有几天的时间去等，但他们有孢子引擎，所以加百利马上去医务舱看保罗的检查结果。 寇波说明，保罗的大脑内叶发生了重组，这时孢子引擎产生的副作用。加百利听到有副作用，马上让寇波把报告发给自己，然后带走保罗让保罗看一下他多次跃进的数据。保罗看到加百利如此重视自己的跃进数据，非常的感动，所以他决定冒险一试孢子引擎。寇波尊重保罗的决定，为了让保罗没有危险，他只能将一个安全袖套套在保罗的手上，然后再让保罗去跃进。 迈克和泰勒登上了克林贡舰队，可在进入之后迈克发现离舰桥不远处有人类生命体征，所以她不想放过这个救出同类的机会。泰勒不想让迈克偏离他们的计划，可迈克坚持救人，泰勒也只能帮助迈克，可没想到这个生命体征来自于康韦尔。在迈克救醒康韦尔之时，泰勒因为看到了曾经折磨过他的拉瑞尔，突然想起被折磨的那些惨况，因此晕眩了过去。 康韦尔确定泰勒是得了创伤后遗症，短时间内没办法再帮助迈克完成任务，迈克为了任务能够完成，她只能把武器交给康韦尔，自己去舰桥安装传感器，怕万一有事的时候发现号可以将康韦尔和泰勒传送回去。迈克将传感器安装好之时，发现号开始进行跃进，保罗的情况也变得危急，加百利只能鼓励保罗坚持住。 康韦尔为了能让泰勒振作起来，只能现场对泰勒进行治疗，好让泰勒可以振作起来。在进行第69次跃进的时候，寇波觉得保罗的身体已经没办法继续任务了，他向加百利请求终止任务，可加百利却为了能完成任务，勒令寇波在完成跃进之前保住保罗的命。康韦尔说了许多，都没有让泰勒清醒过来，而克林贡的人又突然闯入，康韦尔只能向克林贡人开枪抵挡一阵，然后告诉泰勒，迈克遇到了危险。泰勒想到了迈克，这才重新振作了起来，与克林贡人打斗。 迈克在舰桥上遇到了科尔，主动出面与科尔谈判，说明自己就是杀死特库巫马的人，逼着科尔跟她单打独斗比一场，给萨鲁争取时间传输数据完成算法。就在萨鲁完成任务之时，迈克与科尔的打斗也进入到白热化，迈克听到传送提醒之后，便抢了科尔身上佩戴的属于乔的徽章，回到了发现号，让科尔特别的愤怒。 发现号顺利完成任务，加百利把上级的奖章留给保罗，因为是保罗让这次的跃进任务完成。保罗没有接受加百利的好意，但他表示他将进行最后一次跃进，等他回去之后他将退出，他要让星舰上最好的医生检查一下他究竟是出现了什么状况。在进行最后一次跃进之时，发现号并没有回到星际基地，而保罗也出现了状况。
在黄色警报之时，萨鲁发现导航序列发生了故障，根据数据显示，发现号跃进了预定的坐标，位置对于银河中心来说也是准确的，但其他东西都出现在了不该出现的地方。加百利还没有对萨鲁提供的情况进行分析之时，泰勒赶来了，他只能批评泰勒没有及时出现，而这时他们发现一艘舰船在靠近发现号。向发现号靠近的是瓦肯人的舰船，加百利他们认为肯定是这艘舰船摧毁了克林贡人的舰船，所以想跟他们取得联系问明情况，没想到这时对方突然对武器充能，加百利马上让人启动防护装置，及时躲过了他们的攻击，但这仅仅是一个开始，对方发出了回应，声明他们是瓦肯叛军。萨鲁发现，攻击他们的库珀号的量子特征，与他们的不一致，而宇宙中所有的量子能量都是一样的，加百利因此明白过来，他们可能不在自己的宇宙中。孢子引擎出现了问题，保罗出现间歇性紧张，经常说胡话的状况，加百利因为他的情况很糟，决定将他转给别的医生，寇波怎么也不肯答应，认为自己是最有资格照顾保罗的人，可加百利却坚持让寇波执行命令。泰勒驾驶飞船前去突袭击上收集数据，因为那里的情况触发了他被虐的记忆，让他差点没办法正常完成任务。加百利呼叫了几声之后，泰勒才清醒过来提起数据，发现舰上的尸体是瓦肯人和安多利人。泰勒想要知道自己究竟受过什么折磨，于是跑去质问被关的拉瑞尔，拉瑞尔则让泰勒把门打开，然后再告诉泰勒一切真相。泰勒相信了拉瑞尔，打开了监狱大门，拉瑞尔马上跟泰勒亲热了起来，让泰勒愤怒地掐着她的脖子，可没想到泰勒突然就被拉瑞尔控制了，一切听从拉瑞尔的话去做。泰勒突然又清醒了过来，知道自己被拉瑞尔控制的事情，他更加愤怒地骂了拉瑞尔，然后激动地跑了。迈克被加百利要求，去了解泰勒的情况，所以特意安慰泰勒。泰勒告诉迈克自己没事，可迈克刚走，他就突然把自己手中的杯子捏碎了，整个人很紧张。库珀号再次联系发现号，很多紧急的情况都同时出现，加百利想先处理别的紧急情况，再与库珀号联线，可没想到库珀号却威胁要开火，加百利这才不得不联线。在联线的前一刻，迈克发现，发现号上的舰长并不是加百利，而是提利，所以加百利不得不让提利冒充舰长，替他与库珀号联线，谎称机器故障不能离开。加百利让提利穿上舰长的制服，迈克则将现在的资料通知加百利，说明资料上显示，她是神州号的舰长，负责对付叛变的布兰号的舰长加百利，而且加百利的舰船船员全军覆没。加百利根据这个情况，设局安排了一套对付眼下情况的方法，泰勒不想在这次的任务中有失误伤害到其他人，所以去找寇波检查身体。一切准备就绪之时，发现号便与库珀号视频，迈克发现库珀号的舰长康纳竟是熟人，是原神州号战死的人。加百利得知这一情况，马上把自己的头撞出血，然后才让迈克把他带出去，将戏演完。寇波得出了泰勒的检查报告，发现泰勒从表及里都被克林贡人改造了，所以现在的泰勒不再是泰勒了，他不能放泰勒出去。泰勒坚持要去执行任务，在被寇波阻拦之时，他突然情绪激动而引发身上的另一人格，将寇波杀死后赶去舰桥执行任务。康纳前来接收加百利这个叛乱之人，迈克坚持要自己押加百利去禁闭舱，没想到康纳却还想用酷刑折磨加百利，迈克无奈只能反对。迈克让泰勒保护好加百利，自己跟康纳去调阅自己的档案，而康纳则在此时想要杀了迈克，结果被迈克所杀。迈克的行动受到了追棒，所有人都围着她，她只好暂时成为库珀号的舰长，可因为被所有人围着，她没办法拿到想要的资料。
