《狼乾劫》讲述了看守天狼山防止狼族瘟疫蔓延的千年不老妖怪应乾时，为找寻丧失的罪恶之源天狼刀而下山，同时维护偷溜下山被命运异化有着奥秘力气5岁男孩的狼十七，与欲偷刀抢小十七的江湖女盗贼荔枝，一路阅历着雇佣兵追杀与丧尸军团鏖斗的传奇故事。
狼族祭祀大典。边境组织头目Jared，命令手下罗酒带领雇佣兵强闯天狼山。双方展开激烈争斗，狼族圣使应乾时以一敌百，却被对方抢走了祭祀必用的天狼刀。乾时临危请命，只身下山追寻宝刀。宿主狼十七不忍与乾时分别，偷溜下山，却被想浑水摸鱼的贼大贼二抓住。乾时从雇佣兵身上取得身份挂坠，一路追至闹市，阴差阳错抢了贼大贼二的车，行至半路，意外发现了车后箱里的小十七。另一边，从天狼山上逃脱的老神偷妙手空儿，带着徒弟荔枝，和科科里应外合，设局诈财。本已盗取名画，却因为一时疏忽，导致骗局被识破。负责断后的师徒二人狼狈出逃，妙手空儿却被开车行驶在途中程卫少主程亚和贼大的车相撞，荔枝吃惊地望着车祸现场。
众人将妙手空儿送往医院。而病房内，醒来的妙手空儿发现床边的宿主狼十七，激动不已，连接的心电仪发出警报。程亚和乾时立即赶往病房。程亚乾时离开，妙手空儿和荔枝默契十足，当下决定留在乾时身边，趁机拐走小十七。并由荔枝将窃听器安装在程亚衣袖。程亚命令程卫调查妙手空儿等人身份，荔枝连忙联系电脑高手科科，改写资料，险被发现。山田组夜袭酒店，被程卫压制。程亚揭露乾时身份，提议与乾时合作，一同找寻天狼刀。乾时拒绝。第二天，乾时买花去看望妙手空儿。花枝零落，被小十七用血液恢复。山田组二次来袭，程亚为救乾时，手臂中弹。乾时与山田组展开热战。九时到，乾时仓皇避入树林。荔枝担心跟随，却在树下发现了变异的乾时。
乾时身体应九变异，险些伤害荔枝。小十七遇险吹狼牙哨，唤醒乾时。乾时为救小十七，身中麻醉枪，三人逃向树林深处。罗酒率雇佣兵在后追赶。小十七竹简护腕摔落，使出洪荒之力。贼大贼二在崖下捡到昏迷的三人。俩贼想将小十七拿去赏金榜领赏，奈何乾时紧紧抱着小十七。贼二想尽方法分离两人，都不得成功。荔枝醒来，趁机砸晕贼大，带着乾时二人离开。俩贼紧忙追赶。途中，乾时苏醒，指挥荔枝躲在陷阱后，引诱贼大贼二。贼大贼二果然落入陷阱。乾时逼迫对方带路出山，俩贼无奈答应。夜晚，五人篝火晚餐。清晨，程亚等人赶来，几人顺利会师。程亚给贼二两人封口费，并放走两人。贼二喜获意外之财，回到木屋，却被等在木屋守株待兔的罗酒抓了个正着。
罗酒盘问俩贼乾时等人的下落。贼大为护贼二，真假参半地告知罗酒，结果被罗酒绑走。乾时谢绝程亚主动帮忙的好意，清晨，独自带着小十七离开。妙手空儿、荔枝心怀鬼胎，偷偷跟上。后察觉不对的程亚也动身跟随。罗酒也回到海镇地下室，心疼因感染被囚于地下室的弟弟罗筝，守了一夜的罗酒暗下决心。梨花镇河阳节，封镇三天，无船离开。乾时只好入乡随俗。乾时挂坠被偷，起身去追。小偷被荔枝擒获，抢回挂坠，还未来得及叙旧，众人就发现进入了山田组的圈套，被雇佣兵重重包围。
危急时刻，程亚率程卫前来营救。众人来到程卫的据点——梨花酒店。小十七吃药睡下。乾时和程亚交谈，程亚对荔枝、妙手空儿动了杀心，并告知乾时，结果被正在窃听的荔枝得知，提前反应躲过一劫。海镇别墅，货车深夜送货。书房暗室，Jared身泡血池，举止诡异。乾时寻求离开方法，荔枝为保安全，紧跟乾时。荔枝脚部受伤，乾时背其下山。乾时买药，冥冥之中误入时间图书馆。受管理员老婆婆指点，看书解惑，明白天狼刀的秘密。然夜深，荔枝受袭，逃至乾时房间。乾时让床给她，在旁守护。清晨，荔枝被日历吸引，忽略了妙手空儿的话语。罗酒率山田组深夜码头上岸。荔枝送衣，发现乾时异样，乾时变异，与荔枝齐齐掉入枯井。
二人齐齐掉入枯井，荔枝也因此知道了乾时逢九必衰的原因。乾时背着荔枝回到酒店，妙手空儿告知小十七丢失，乾时焦急追去。谁知妙手空儿只是虚晃一枪，小十七早被其偷偷藏起。妙手空儿带着荔枝去码头和科科接应。树林里，乾时碰见程亚，心知上当，连忙折返，赶去码头。结果被真正的山田组袭击，乾时中枪落水。乘船驶离的荔枝目睹这一切，心下担心乾时，与妙手空儿发生争吵。Jared收到乾时中枪消息，示意紧盯程卫。乾时一直处于昏迷。乾时陷入梦魇，梦中光怪陆离，师父的安排、荔枝的心机……他全部都了然于心，只是情感所致，难以醒来。妙手空儿被带到密室，献上宿主鲜血，后被迷晕扔出。药效过后，小十七苏醒。妙手空儿转醒，收到指令。
妙手空儿回家，荔枝四人吃了一顿温馨的晚餐。荔枝三人按照指令来到花园小区，小十七偷将狼牙哨放进荔枝口袋，三人上车，科科暗中跟随。锦江古堡，荔枝等人与K交易。然K残虐暴躁，荔枝心有不忍，却挣脱不过妙手空儿，只好离开。行至半路，荔枝摸到狼牙哨，冲动之下威胁司机，返回古堡。而荔枝潜入偷回小十七，却被发现下令追杀。雇佣兵人数众多，荔枝不小心躲进死角。眼看被抓，妙手空儿却犹如天降，二人寻车闯出古堡。身后雇佣兵紧追不舍，妙手空儿为保护荔枝，中枪而亡，荔枝晕倒。乾时苏醒，与程亚前往锦江寻找小十七。夜深，荔枝潜入卧室，想要开枪杀死小十七，最后不忍下手，兀自惩罚。第二天，荔枝把十七带到荒山丢弃，离开。
锦江古堡里，K和管家怕Jared责罚，隐瞒消息并命令雇佣兵全面追杀荔枝等人，找回小十七。雨夜，荔枝整理行李，看到妙手空儿的“秘密”——相册，难过不已。终是情感战胜了理智，荔枝冒雨折返回荒山，找到了小十七。荔枝决定带着小十七回乡。乾时避开监控，进入内室，通过遗留的照片判断出荔枝的去向，并说服程亚，一同前往长安村。长安村的家久无人居，荒草败落，却处处充满回忆。荔枝躺在摇椅上，不知觉陷入梦乡，醒来发现家里来人。顺着声音找去，发现对方竟是许久未见的乾时。乾时劝慰荔枝，荔枝不听，两人气氛僵化，乾时抱着小十七离开。科科归来，荔枝月下小酌，三谢对方。酒中下药，科科不敌药力睡去，荔枝则独身踏上复仇路。
小十七要同乾时离开，临行前找荔枝拜别，却发现不见荔枝不见。乾时担心荔枝一个人会出事，当下决定回锦江。程亚阻拦不住，只好偷偷跟上。锦江古堡外，荔枝经一系列的推演计算，混入古堡。不幸的是，荔枝还未摸索开，被关进了饲料营。饲料营里荔枝认出，叫杨思楠的女孩上过寻人启事。饲料营外守卫森严，荔枝想要逃走。在杨思楠的哀求下，答应带她离开。一切都按计划进行，然而室友告密，荔枝和杨思楠被关进了地下室。地下室里竟是尸人，荔枝和杨思楠按照约定好的路线跑，结果杨思楠极为自私，自己跑过去后竟将门插住。荔枝被隔在门外，眼看就要被尸人撕咬，恰时乾时出现，将她救下。两人跑到小屋内，借助收音机声音，将尸人引开，然后进入实验室
进入实验室后，帮助程亚和K作战。K以杨思楠为人质，一番混战后，荔枝拖着杨思楠，和程亚、乾时顺着密道离开。而K则被阻隔在石门后，被尸人淹没。程卫众人在山田组赶来之前撤离回梨花镇。然趁乱躲起来的管家被赶来的罗酒枪杀。天狼刀的下落线索断开，大家一筹莫展。梨花镇，荔枝、乾时、小十七分别。荔枝看见贼大贼二行为诡秘，于是偷偷跟上。贼大贼二为老乡烧纸，荔枝觉得另有隐情，便将二人带回梨花酒店。众人会审，从二人口中得到嫌疑地点，程亚立即命令程卫暗中调查海镇别墅。消息反馈，加之秘密线人，确定天狼刀藏在海镇别墅。乾时立即制定训练计划，为大家加强技能，而自己则去了时间图书馆，查找资料，愈发弄清事实真相。
