“棺材仔”宋慈被村民视为不祥人，靠打更维生，好友查小灿送来红鸡蛋贺他三十岁生日，宋慈感动。翌日宋慈要求村长按乡例三十男丁分田两亩给他，材长指族谱上没有他的名字，不能分田。宋慈忿然告官，好友薛丹来作证人，可惜他非宋家族人且比宋慈年轻三年而无效，县官判宋慈败诉。米店老板宋诚之子宋翊将回桃园镇出任知县，村长乘机讨好，并挖去宋慈母坟建迎官亭，宋慈怒找村长理论。二人纠缠间，小偷唐思来到找寻遗失的白玉兔，宋诚夫妇刚巧经过，误以为宋慈与唐思一起殴打村长。其后村长被发现伏尸溪边，宋慈与唐思被控谋杀判斩首，二人押往大牢途中，宋慈被雷电击中身亡，送往义庄安葬。打理义庄的马贵发现。宋慈未死，遂救醒他，又说村长并非被打死，宋慈请他帮忙，马贵拒绝并赶他走。突然马贵连声惨叫，宋慈见他头胪肿胀，马贵他去执药救治。马贵见宋慈救了自己一命，答应收留他，二人从村长脚上发现有个钉孔伤口，估计村长中毒而死，此时村长夫人来到，说要取回尸体。
村长夫人领回村长尸体安葬。薛丹和小灿到义庄拜祭宋慈，赫然发现他仍在生，欣喜若狂。宋慈悄悄割下村长脚底伤口皮肤，马贵指村长中了破伤风毒致死，薛丹提议待宋翊履任时拦途申冤。宋翊接到状词，询问捕头聂人龙意见，人龙指出疑点，二人遂跟踪薛丹到义庄，知宋慈未死。宋慈建议再验尸，宋翊接纳。宋翊到狱中向唐思问话，又说会为她翻案，唐思大喜。宋慈与人龙合作扮鬼吓村长夫人，差点被聂枫搞砸。聂枫重遇儿时玩伴宋翊，但宋翊却似不认得她。宋翊往找村长夫人，夫人一听到宋慈名字即答应开棺验尸。聂枫在亡母坟前诉说因百变飞狐被格去女捕头一职，只好回来找父人龙。她途经义庄时见宋慈，揭穿他扮鬼，押他回衙门。众人在村长坟前见到宋慈，均吓一跳，村长夫人恍然被宋慈及宋翊整蛊，反对开棺，宋翊坚持开棺，但看到村长尸体即一愕，原来村长尸体已化成白骨，无从验尸。宋慈再被收押候刑，唐思指宋翊骗她。聂枫自知害了宋慈，亲自送来最后晚餐，宋慈吃后双唇肿胀，马贵见状说若将村长骸骨蒸煮，可为宋慈翻案。
宋慈与唐思在狱中互诉辛酸身世，宋慈同情地说要娶她为妻，好让她在阴间有人照护，唐思心头一暖，与他就地拜堂。大刀快斩下的一刻，村长夫人大叫刀下留人，同意煮村长骸骨，以确定是否中毒，最后宋慈、唐思沉冤得雪。宋慈的更夫工作丢了，惟有义务帮马贵工作，从中学习验尸。唐思与宋慈互相躲避对方，原来怕对方提起狱中拜堂一事，最后双方协议拜堂一事作废。唐思被赌场打手追债，连本带利共二百多两，唐思无计可施下偷了小灿妻宋玲身上银两，小灿追捕被她逃脱。马贵有感宋慈对验尸有天分，婉拒宋翊邀请他当仵作后推荐宋慈担任，宋翊一怔。宋慈见工失败，沮丧不已，小灿安慰他。宋诚当上新村长，大派烧肉。宋翊见宋慈垂头经过，即当众宣布他是宋家子孙，可分烧肉及田地，又聘请他当仵作，宋慈感激不已。小灿到唐思家追讨银，发现她身上有一白玉兔，直指她是失散二十年的亲妹查小恩。此时赌场打手追来，唐思将错就错跟小灿回家。宋慈与老仵作进行验尸，老仵作指死者吊颈自杀并无可疑，宋慈不认同。
宋慈跟马贵研究尸体并认为死者并非自杀，宋翊即展开调查，聂枫助父人龙缉捕疑犯归案，死者沉冤终得昭雪。宋慈不忍唐思与小灿被贵利追斩，不惜用自己刚分得的土地替她还债。宋慈不知钱袋被人偷去，虽得唐思替他夺回，却被她揶揄一番。村中首富蓝涛有女蓝彩蝶美貌出众但刁蛮任性，却深深吸引宋慈。彩蝶的丫环到酒家买酒时，突感不适倒地死去，仵作验尸后认定她死于风寒，宋慈却发现她有被鼠咬过的伤痕，认为她可能死于鼠疫，宋慈马上教村民消毒方法，更在蓝家发现蓝夫人可能已染鼠疫，及时救她一命。经鼠疫一事后村民对宋慈的态度大变，令宋慈初尝被人爱戴的滋味。聂枫怕宋翊将自己被革职一事告诉人龙，为恳求宋翊帮助她，不惜归还儿时曾夺宋翊的玩物，令他啼笑皆非，更令人龙误会二人关系。彩蝶误以为宋慈是同性恋者，与表妹阿君打赌能令宋慈向她提亲，以证明自己美貌过人。彩蝶主动约会宋慈又表现出对他有意，令他信以为真，更提出要宋慈辞职，好让其父答允他的提亲。
宋翊买蟹回家，宋诚两夫妇感奇怪，因宋诚对蟹敏感，宋翊即表示蟹是送给聂枫的。薛丹、唐思及小灿均不同意宋慈为彩蝶而辞职，但他一意孤行向宋翊辞职。薛丹等人发现彩蝶说谎，正打算告诉宋慈时，他已当众向蓝涛提亲，彩蝶奸计得逞后，诈作不认识宋慈，还当众奚落他。彩蝶与阿君到树林散步，面人出现将阿君杀死又把彩蝶掳去，宋翊要宋慈复职替阿君验尸，但抵达凶案现场时，很多环境证据被村民搞乱了，宋翊便立例以后要将凶案现场封锁，以便查案，蓝涛认定宋慈求爱不遂而下毒手，幸得小灿和薛丹力证宋慈一直和他们一起，宋慈才避过嫌疑。宋慈发现阿君应该是被柴刀劈死，便集中调查樵夫，不单没有发现，且令村民质疑宋翊查案能力。面人勒索蓝家三万，并要丫环小娟负责交赎金。宋慈再仔细验尸又做实验，知道凶手是武功高强的江湖人士。面人杀了小娟并取得赎金后，正想杀彩蝶灭口，宋翊等人及时到来相救。人龙催促聂枫回郑州并在酒家替她饯行，聂枫有口难言，宋翊请她为捕头，聂枫感激不已。
小灿慨叹查家中无人识字，强逼唐思上学，令她非常尴尬。唐思逃学在市集中赌钱被小灿发现，二人大闹一场。宋翊带唐思看小灿做兼职，终于明白他一片苦心，决定努力读书。宋诚夫妇外出吃满月酒，宋翊在家中发现贼人，他竟跟自己一模一样。原来该贼人才是真正的宋翊，假宋翊原名方俊，在宋翊高中举人回乡途中与他相识，二人惊觉对方与自己的样貌相似，后来方俊见宋翊被贼推跌落山崖，以为他已死去便把心一横顶替他，但宋翊大难不死，养伤后回来发现方俊冒认他，决定揭发他的罪行，二人起争执，纠缠间方俊杀了宋翊并埋尸于天井。薛丹因心理作用屡次科举失败，在众人鼓励下决定到祠堂作模拟试，薛丹终克服心理障碍，但考试当日薛丹仍怯场，结果功亏一篑，试后到小灿家借酒消愁。薛丹无意间听到宋翊招考师爷的考题，发觉错漏百出，大胆提出，宋翊欣赏他敢言并请他出任师爷。宋玲认为唐思是小人，怂恿小灿为唐思找个归宿，希望把她嫁得远远的。宋慈替小灿修理木头车后又与唐思斗嘴，小灿灵光一闪，认为宋慈最适合唐思。
唐思买下白兔作宠物，又怕宋玲不满，宋慈提议将白兔暂时寄养在他的家，等她得到兄嫂同意才领回，当小灿前来提亲时，言词隐晦令宋慈以为他讲白兔的收留问题，一口答应。聂枫调查蓝家一案，发觉下人王福有可疑，正欲进一步调查时，王福家中失火，已被烧死，宋慈发现王福并不是烧死的，便再到王福家调查，面人亦在现场，正打算杀宋慈时，聂枫亦到福家调查，面人悻然离开。小灿不堪被鲁花取笑，愤然辞职，却原来正中她下怀。薛丹见义勇为，帮助酒家老板吓退一群要收保护费的无赖，后更与老板江志扬夫妇熟络起来。彩蝶恃势凌人欺负庙祝一家，打伤小孩又推跌孕妇，还认为钱能解决一切问题，宋翊为教训她，把彩蝶收监。唐思因宋翊教他读书而对他产生爱意，却被宋慈发现并取笑她。有村民被老虎咬死，大家提高警觉，刚巧志扬出外办事，薛丹见其妻贞娘担心他回家途中的安危，便叫人龙赶到百花林救他，人龙把老虎刺死，成为打虎英雄。宋慈替老虎验尸，竟发现它死于内脏碎裂。
薛丹从贞娘口中得知小娟和王福有不寻常关系，宋慈等人重组案情，怀疑志扬懂武功，可能与蓝家命案有关，便集中调查他们，但他们生活作息稳定无可疑之处。宋慈从虎尸得到启发，将王福的尸身剖开，聂枫更想出方法令志扬落入圈套，形迹败露，当人龙和聂枫全力追捕他至酒家时，发觉所捉到的面人竟是贞娘。志扬杀伤关卡的官兵离镇，贞娘知道他成功逃脱非常安慰，聂枫希望从贞娘口中知悉志扬的去向，但贞娘守口如瓶，志扬易容回镇救贞娘，目的是向她取回赎金，令她非常失望，二人反目，志扬最终被杀。贞娘协助寻回赎金，其后得到聂枫等人代为求情，免受牢狱之苦。七巧节当日唐思悉心打扮，明艳动人得令宋慈也动心，唐思拾回掉在地上的铜钱时，无意中发现女尸。宋慈替女死者杜玉兰验尸，更要薛丹记下所有发现，宋慈发现死者有曾被奸污象，而口中则留有浆糊。宋慈送唐思最喜欢的南乳花生给她吃时，宋翊到访告诉唐思以后没空再教她读书，并送她一本书自修，令她非常不开心，宋慈看在眼里。
慈为救思不惜用自己所分得的土地替他还债，村中首富蓝涛有女蓝彩蝶，美貌出众但娇横跋扈，慈被她美色吸引。枫一直向龙隐瞒被革职一事，翊知道后便帮她，令枫非常感激。慈因为阻止了一场鼠疫发生，受到村民爱戴。玲想要孩子便求助山神仙指点，却处处受到思破坏。蝶误会慈是同性恋，便和表妹君打赌，可以令慈向她提亲。蝶不惜表现对慈有意，令慈以为蝶对自己真的有意，当知道蝶不喜欢自己做仵作，便向翊辞职，思阻止慈亦不理会，提亲当日，蝶当众拒绝慈，令慈非常伤心。
蝶被人绑架而君亦被杀，涛认为慈是凶手，幸得灿和丹力证慈和他们在一起，于是翊命慈重新复职，对君进行验尸，发现君因刀伤死亡，怀疑山中的樵夫所为，面人以蝶向涛勒索三万两，并要丫环娟负责交赎金，根据种种线索，慈终于知道凶手是武功高强的江湖人士，当面人杀了娟并取得赎金后，想杀人灭口，幸得翊及时拯救，龙督促枫回郑州，枫有口难言，翊请枫为捕头，解决了枫的难题，灿感叹查家没有一个读书人，便强逼思读书，思无心向学，翊令思反醒明白灿的用心，思决定努力读书。
